对于慢性猪霍乱沙门氏菌感染，诊断通常基于临床表现和病理特征。仔猪在一至四个月龄间出现腹泻，伴随耳、尾、蹄部皮肤的青紫色改变，以及肝、脾等器官出现干酪样坏死。这些症状可用于初步判断。然而，确诊需要实验室检查，如细菌分离培养鉴定，以及一系列快速检测技术，如对流免疫电泳、协同凝集试验、酶联免疫吸附试验和免疫荧光法，甚至基因探针检测。
在实验室检验阶段，采集病猪粪便、尿液、肝、肾等组织，以及流产胎儿胃内容物和子宫分泌物等样本，制作涂片进行显微镜检查，或者进行分离培养。观察到的沙门氏菌呈革兰氏阴性杆菌，两端钝圆或卵圆形，无芽孢和荚膜。进一步在选择培养基（如SS琼脂）和鉴别培养基（麦康凯琼脂）上进行接种，经过24小时37℃培养后，可疑菌落的形态特征也很关键，如无色或半透明、边缘整齐的菌落，可初步判定为沙门氏菌。
进一步的确认可通过双糖铁斜面实验，观察底层葡萄糖的代谢情况和硫化氢产生，以及上层斜面乳糖的分解情况。血清学方法如凝集反应和酶联免疫吸附试验也被广泛应用。近年来，快速细菌生化试验和单克隆抗体技术为快速诊断提供了新的途径，特别是针对invA基因的PCR技术，能特异性、快速地鉴定沙门氏菌属，并结合血清型鉴定，实现更精确的型别鉴定。
猪霍乱沙门氏菌是非伤寒沙门菌的一种，是引起仔猪副伤寒的主要病原菌，给养猪业造成重大危害。