秦朝不仅“焚书坑儒”，还下“挟书令”，藏有儒家经典者治罪，因此在秦代无传授和学习儒家经典者。
今文经
西汉初年，汉高祖刘邦很不重视儒学。至惠帝时，废除“挟书令”，儒家思想言论这个禁区开始松动。从这时起，到文帝时期，一些尚存的老儒依靠记忆，口头传经。弟子们因找不到书籍，就用当时通行的隶书将老儒背诵的经典文本和解释记录下来，这样的经典就是所谓的“今文经”，释文谓之传。文帝时，开始设置经学博上，由今文经学家充任，以备顾问。武帝时，置五经博士，亦由今文经学家充任，在太学教授弟子。从此，今文经学得到广泛的传播。
今文经来自老儒的记忆，因每个老儒的记忆有出入，解说有差异，于是出现了一经有几家说法的情况。代代相传，逐渐形成了一些学术流派。宜帝时，在太学中立学官的，《易》有三家，《书》有三家，《诗》有三家，《礼》有一家，《春秋》有二家，共十二博士。东汉初年，增为十四博士。
古文经
古文经是用秦统一以前的篆书抄写的经典。秦在焚书时，人们将这样的经典和其它一些古书埋藏起来。西汉前期，由于拆除老房，相继发现了一些古书。武帝时，下令献书。成帝时，设官负责收集古书，并着手进行整理。西汉末年，刘歆在整理古书时，发现古文经典不仅经文与今文经互异，而且篇章也多出不少。如《礼》多39篇，《书》多16篇。《毛诗》和《左氏春秋》等则为今文经所不载。这些新发现的经典就叫做“古文经”。
刘歆对于古文经很赞赏，建议在太学立学宫，但却遭到今文经学博士们的激烈反对。刘歆批评这些博士“专己守残，党同门，妒道真。”可是由于执政大臣也反对，刘散的建议未被采纳。平帝时，王莽专权，为了利用古文经进行“改制”，就立《古文尚书》、《毛诗》、《逸礼》、《左氏春秋》四个博士。东汉初，又被取消。
古文经虽不得立学官，但在民间却广为流传。古文经中固然有些内容是经过两汉学者窜改或增加者；但总的说来，古文经学家是按字的形、音、义解经，极力恢复经的本义，不作任意发挥。于是形成了系统的训话方法。古文经学家贾逵、马融、郑玄兼通今文经。郑玄破除各家传统，广采众说，遍注群经，得到经今、古文两派的赞许，号称“郑学”。至此，基本上结束了今、古文经的斗争。贾逵的学生许慎为了反对今文经学派根据隶书经典，穿凿附会，曲解经文，用了22年的时间，写成《说文解字》一书，收小篆9353个，收古文（战国文字）、籀（zh騯宙，西周、春秋文字）文1163个为重文：每个字标明字形，注出读音，推究字义，全书分为540部，全部解说不过13万3千多字，简明扼要。是我国最早的一部编辑完善、内容丰富的字典。 两汉时期，哲学的唯心主义的代表人物是西汉中期的董仲舒，唯物主义的代表人物是东汉前期的王充。
唯心主义
董仲舒是今文经学派的《公羊》学家。他的思想集中体现在《天人三策》和《春秋繁露》一书中。他反对天道自然观，进一步发展了先秦的“天人同一”思想，这个思想的核心是“天人感应”说。他说：“国家将有失道之败，而天乃先出灾害以谴告之，不知自省，又出怪异以警惧之；尚不知变，而伤败乃至。”他又说，“道之大，原出于天；天不变，道亦不变。”道是法则、规律，这里借为封建制度。由此看来，董仲舒的宇宙观是唯心主义的，方法论是形而上学的。
唯物主义
王充出身于“细族孤门”，曾做过州郡小吏，大部分时间以教学为生。他著《论衡》一书，计85篇（今存84篇），20多万言。
他认为万物由元气构成，“元气未分，混沌为一。及其分离，轻者为天，浊者为地。”人和禽兽也是由元气演化而来。他认为元气是一种客观存在的物质。他反对天人感应说，反对有神论，发展了古代的天道自然观。他说：“人之所以生者，精气也；死而精气灭。能为精气者，血脉也；人死血脉竭，竭而精气灭，灭而形体朽，朽而成灰土，何用为鬼？”他又说：“人之死，犹火之灭也。”他认为鬼只是人们的一种幻觉。
王充的论证方法是“引物事以验其言行”，是比较科学的。但由于当时自然科学不甚发达，引作论据的事物有些不真实，因此做出的结论也难免有错误。他在对社会问题或历史人物评述时，往往归之于命，这是唯心主义。 两汉时期的主要宗教有道教和佛教，都是在东汉时期开始流传的。
道教
道教是由黄老学说与巫术结合而形成的。东汉顺帝时，琅邪人宫崇向朝廷献其师于吉所得《太平清领书》170卷。这是我国最早的道教经典。今存的《太平经》残本基本上保存了这部经典的面貌。
东汉末年，道教分为三大支派，一支为太平道，以张角为教主，在黄河南北传教，另一支为天师道，亦称为五斗米道，以张修和张鲁为教主，在汉中、巴蜀一带传教；第三支以于吉（与上同名）为教主，在长江下游传教。三派的信徒多为贫苦农民，这些信徒的多数成为农民大起义的主力。
佛教
佛教是迦毗至印度研究佛学归来，在洛阳建寺译经，中国开始有汉译本佛经。东汉末年，安息（今伊朗）僧人安世高、月氏僧人支谶（chen衬）等相继来到洛阳，翻译佛经。汉人严浮调从安世高学经，并参与翻译。从此，佛教教义也在中国流传。
