个人所得税缴纳不会直接影响其他税种（除企业所得税外），因为公司员工作为纳税人当缴纳个人所得税，应当在支付时，贵公司作为扣缴义务人代扣代缴个人所得税。
但是，由于个人所得税是对员工工资作为征税对象，而企业所得税对员工工资税前扣除税法也有规定。没有扣足个人所得税的，其工资薪金收入不得税前扣除，根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知 》国税函〔2009〕3号 文件规定，关于合理工资薪金问题，
《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：
（一）企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
（二）企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
（三）企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
（四）企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务；
（五）有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的；
因此没有依法足额履行代扣代缴个人所得税的，其工资薪金收入不属于“合理工资薪金”。
扩展资料：
征税内容
1、工资、薪金所得
工资、薪金所得，是指个人因任职或受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或受雇有关的其他所得。
这就是说，个人取得的所得，只要是与任职、受雇有关，不管其单位的资金开支渠道或以现金、实物、有价证券等形式支付的，都是工资、薪金所得项目的课税对象。
2、劳务报酬所得
劳务报酬所得，是指个人从事设计、装潢、安装、制图、化验、测试、医疗、法律、会计、咨询、讲学、新闻、广播、翻译、审稿、书画、雕刻、影视、录音、录像、演出、表演、广告、展览、技术服务、介绍服务、经济服务、代办服务以及其他劳务取得的所得。
3、稿酬所得
稿酬所得，是指个人因其作品以图书、报纸形式出版、发表而取得的所得。这里所说的“作品”，是指包括中外文字、图片、乐谱等能以图书、报刊方式出版、发表的作品；“个人作品”，包括本人的著作、翻译的作品等。个人取得遗作稿酬，应按稿酬所得项目计税。
4、经营所得
包括个体工商户的生产、经营所得和对企业事业单位的承包经营、承租经营所得。
个体工商户的生产、经营所得包括四个方面：
（一）经工商行政管理部门批准开业并领取营业执照的城乡个体工商户，从事工业、手工业、建筑业、交通运输业、商业、饮食业、服务业、修理业及其他行业的生产、经营取得的所得。
（二）个人经政府有关部门批准，取得营业执照，从事办学、医疗、咨询以及其他有偿服务活动取得的所得。
（三）其他个人从事个体工商业生产、经营取得的所得，既个人临时从事生产、经营活动取得的所得。
（四）上述个体工商户和个人取得的生产、经营有关的各项应税所得。
对企事业单位的承包经营、承租经营所得，是指个人承包经营、承租经营以及转包、转租取得的所得，包括个人按月或者按次取得的工资、薪金性质的所得。
参考资料来源：百度百科-个人所得税
个人所得税缴纳应当不会直接影响其他税种（除企业所得税外），因为公司员工作为纳税人当缴纳个人所得税，应当在支付时，贵公司作为扣缴义务人代扣代缴个人所得税。
但是，由于个人所得税是对员工工资作为征税对象，而企业所得税对员工工资税前扣除税法也有规定。一是看工资是否扣足了个人所得税，根据《国家税务总局关于加强个人工资薪金所得与企业的工资费用支出比对问题的通知 》国税函（2009）259号文件规定，地税局到企业进行实地核查时，主要审核其税前扣除的工资薪金支出是否足额扣缴了个人所得税；是否存在将个人工资、薪金所得在福利费或其他科目中列支而未扣缴个人所得税的情况；有无按照企业全部职工平均工资适用税率计算纳税的情况；以非货币形式发放的工资薪金性质的所得是否依法履行了代扣代缴义务；有无隐匿或少报个人收入情况；企业有无虚列人员、增加工资费用支出等情况。因此，税务机关会加强对工资薪金与个人所得税缴纳情况进行比对的。
二是没有扣足个人所得税的，其工资薪金收入不得税前扣除，根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知 》国税函〔2009〕3号 文件规定，一、关于合理工资薪金问题
《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：
（一）企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
（二）企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
（三）企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
（四）企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务。
（五）有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的；
因此没有依法足额履行代扣代缴个人所得税的，其工资薪金收入不属于“合理工资薪金”。
你问的是不是“个人所得税缴纳会影响公司的其他税款吗”？
个人所得税是公司代收代缴的有公司职工或劳务人员个人负担的税款，与公司的其他税款无关，不会影响公司的其他税款。本回答被网友采纳