农村自建房申请程序如下：
（1）村民向村委提出申请；
（2）乡（镇）国土所（非耕地）或县国土局（耕地）派员实地调查察看；
（3）村民到乡（镇）国土所领取《村民建房用地申请表》，填表后经本组村民户主签字盖章（含邻里），对四邻无影响的，村、组签具意见后呈交（镇）国土所；
（4）乡（镇）国土所审查，测量绘制用地平面图，乡（镇）人民政府审核；
（5）县国土局，建房用地缴纳规费；
（6）县人民政府批准；
（7）委托乡（镇）国土所发放建设用地许可证，派员实地放线；
（8）乡（镇）国土所对村民竣工后的建房用地进行验收。
法律依据：
根据《农村宅基地管理办法》
第十七条 农村村民申请宅基地，应当向常住户口所在地的村民委员会或村集体经济组织提出书面申请，经村民委员会或村集体经济组织讨论同意，并将申请宅基地户主名单、家庭人口、原有房屋间数面积、申请建房占地面积、位置等张榜公布后无异议的，取得乡村建设规划许可证或建设用地规划许可证后，报乡(镇)人民政府审查，县土地行政主管部门审核，由县人民政府批准，其批准结果由村民委员会予以公布。
第十九条规定：农村村民建造住宅，应严格按照批准的宅基地面积、规划层数、高度及质量标准进行施工。各乡(镇)人民政府、村应加强农户建房过程中的监督管理，县土地行政主管部门对农户建房要做到审查、放样、验收三到场。
《民法典》第二百零九条（不动产物权登记的效力）不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
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