因为方孝孺不肯为举兵篡位的朱棣书写即位诏书,从而引得朱棣不喜,方孝孺也因此被诛十族,而这多出来的一族就是方孝孺的学生。众所周知,朱允炆在即位之后因忌惮藩王的势力过大而采取削藩。其中实力最盛的燕王朱棣在得知这个消息之后率先对朱允炆发难,以“清君侧”为名起兵谋反。最后南京城被破,朱允炆则命丧火海,明朝皇位就此易主。
南京城沦陷之后朝中绝大部分官员都见风使舵地改变立场,对朱棣表示臣服。但是方孝孺却始终坚持自己的立场不愿对朱棣投降,他也因此被抓进牢房之中。因方孝孺本就以“忠诚”闻名且学生众多,所以朱棣便想让他起草即位诏书,想要借此来减少登基后的反对声。但是当他将方孝孺叫至跟前并说明这个意向时,方孝孺并不是很乐意。朱棣见状便为自己辩解说:“法周公辅成王”,结果方孝孺听闻这话之后接连质问了朱棣好几个问题。
在他的质问下朱棣被“怼”得哑口无言,最后只能用“此朕家事”将其搪塞过去。之后朱棣便命人拿来纸笔,要求方孝孺起草诏书。但是方孝孺在接过笔之后直接将它摔到了地上,并对朱棣破口大骂道:“死即死耳,诏不可草。”朱棣见他如此彻底被激怒,遂下令将他处以车裂之行。之后他的弟弟也被处死,他的妻儿则相继自缢或者投河自尽。
朱棣因为怒气太盛,还株连了方孝孺十族,这第十族就是曾被方孝孺教导过的众多学生。不过关于方孝孺被诛十族的记载并非来自于《明史》,而是来自于其它一些野史。不过朱棣对这位十分受人推崇的方孝孺终究是存有忌惮的,所以朱棣在他死后还将他的著作列为禁书,不许任何人收藏。