被征收房屋的性质如何认定，是在实际的工作中经常遇到的问题，例如在住改商房屋征收中，登记的是住房，而实际中却有很多是在底层，用作经营，这种登记是住房，实际是商业性使用的房屋如何补偿，现在法律法规也没有具体的规定，实践中争议很大，为此，国务院办公厅下发了《关于认真做好城镇房屋拆迁工作维护社会稳定的紧急通知》规定：对拆迁范围内产权性质为住宅，但已依法取得营业执照经营性用房的补偿，各地可根据其经营状况，经营年限及纳税等实际情况给予适当补偿。此规定可以作为审查行政行为合法性的补偿依据。具体而言：
1、房屋产权证上所登记的房屋使用性质，应当作为确定房屋性质的依据；
2、房屋性质发生变更的，房屋所有人应当向房管局申请变更登记；
3、规划和土地管理部门确定该房屋的性质为住宅，并且实际用于居住的，应当按照住宅给予补偿安置；
4、规划和土地管理部门确定该房屋的性质为住宅，但依法取得营业执照并用于商业经营的，应当按照住宅予以补偿安置，同时根据其经营状况、经营年限以及纳税等实际情况给予适当补偿。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。