1、遗传和家族因素：有四分之一的卵巢囊肿患者在其直系的亲属当中，就会有肿瘤的，这就是一种卵巢囊肿的原因。2、内分泌因素：卵巢巧克力囊肿多数是发生在没有生育过的女性当中，妊娠对卵巢囊肿有对抗的作用，每天排卵而造成的卵巢表层上皮细胞反复破损也和卵巢巧克力囊肿发生有一定的关系，这也是卵巢巧克力囊肿的原因。3、环境因素：一般情况下在工业比较发达的国家，其女性的卵巢巧克力囊肿发病率会比较高一些，可能是和饮食中高胆固醇的含量有关系。而且电离辐射、石棉以及滑石粉等这些都会影响到卵母细胞，从而诱发卵巢巧克力囊肿。4、心理压力过大：卵巢巧克力囊肿的原因还有日常生活习惯不好，心理压力过大，长期的饮食习惯等等因素造成体质过度酸化，人体性能下降，从而引起肾虚，肝虚，进而引起代谢轮回变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，导致卵巢组织异常增生，终致卵巢巧克力囊肿，甚至癌变。
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