与用人单位签了三方协议，是可以辞职的，三方协议是《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。
三方协议在毕业生到单位报到(凭《全国普通高等学校本专科毕业生就业报到证》或《全国毕业生研究生报到证》)、用人单位正式接收后自行终止。也就是说实习期满之后，你若是不想继续在该用人单位工作，可以随时离开。最主要的一点是，离职手续需要满足《劳动法》相关规定。支付违约金是因为是合同的本身规定。如果办理了离职手续，并不需要支付违约金；而如果签署了工作服务协议，离职就需要支付违约金了。
法律依据：《劳动法》第二十四条
经劳动合同当事人协商一致，劳动合同可以解除。