在实施无标底招标的过程中，虽然取得了一些成果，但仍然面临两个主要问题:
首先，如何准确判断投标价是否低于成本价是一个挑战。根据《评标委员会和评标方法暂行规定》，投标价明显低于其他报价或在有标底时低于标底，可能被视为低于成本。然而，当无标底时，仅凭投标价明显低于其他报价来判定成本价并不够明确。在多投标人报价均低于成本价的情况下，缺乏明确的判定标准。此外，评标委员会并非工程造价专家，其认定能力可能受到质疑。
其次，法律规定并未涵盖投标人之间相互串标、哄抬标价等行为。这类问题的处理需要司法介入，但业主或招标人在此类情况下容易受损，现行法规对此缺乏有效保护。
针对这些问题，可能的解决方案是借鉴国际无标底招标的某些做法。在竞争激烈的国际招标中，由于参与者的多样性，串标和低于成本价投标的情况相对较少。但鉴于国内目前的招投标环境，保留标底的做法可能是必要的。标底不应直接用于投标评分，而应作为控制工程项目成本的依据。如果投标价低于标底的一定比例，招标人有权拒绝。同时，高于标底的报价也可能被视为缺乏竞争力，招标人有权在所有报价高于某个阈值时拒绝所有投标，重新组织招标。
在业主招标过程中不设标底或者即使设标底也不作为评标标准，业主只需提出一个评标的标准和方法即可的一种招标方式。有标底招标和无标底招标内涵的差别在于：一是招标单位在招标工程中是否编制标底；二是评标时是否以标底为基准对投标单位的报价进行考评评分。不设标底可消除标底编制不够正确对招标投标过程所产生的负面影响，有利于降低造价，保证公平、公正、公开。无标底招标采用了量价分离的科学形式，更加符合市场科学的要求，有利于加强招投标过程的竞争机制。