朱熹继承
周敦颐、二程，兼采释、道各家思想，形成了一个庞大的哲学体系。这一体系的核心范畴是“理”，或称“道”、“太极”。朱熹所谓的理，有几方面互相联系的含义：①理是先于自然现象和社会现象的形而上者。②理是事物的规律。③理是伦理道德的基本准则。朱熹又称理为太极，是天地万物之理的总体，即总万理的那个理一。“太极只是一个理字”。太极既包括万物之理，万物便可分别体现整个太极。这便是人人有一太极，物物有一太极。每一个人和物都以抽象的理作为它存在的根据，每一个人和物都具有完整的理，即理一分殊。气是朱熹哲学体系中仅次于理的第二位的范畴。它是形而下者，是有情、有状、有迹的；它具有凝聚、造作等特性。它是铸成万物的质料。天下万物都是理和质料相统一的产物。朱熹认为理和气的关系有主有次。理生气并寓于气中，理为主，为先，是第一性的，气为客，为后，是
第二性。
动静观 朱熹主张理依气而生物，并从气展开了一分为二、动静不息的生物运动，这便是一气分做二气，动的是阳，静的是阴，又分做五气（金、木、水、火、土），散为万物。一分为二是从气分化为物过程中的重要运动形态。朱熹认为由对立统一，而使事物变化无穷。他探讨了事物的成因，把运动和静止看成是一个无限连续的过程。时空的无限性又说明了动静的无限性，动静又是不可分的。这表现了朱熹思想的
辩证法观点。朱熹还认为动静不但相对待、相排斥，并且相互统一。朱熹还论述了运动的相对稳定和显著变动这两种形态，他称之为“变”与“化”。他认为渐化中渗透着顿变，顿变中渗透着渐化。渐化积累，达到顿变。
格物致知论 朱熹用《大学》“致知在格物”的命题，探讨认识领域中的理论问题。在认识来源问题上，朱熹既讲人生而有知的先验论，也不否认见闻之知。他强调穷理离不得格物，即物才能穷其理。朱熹探讨了知行关系。他认为知先行后，行重知轻。从知识来源上说，知在先；从社会效果上看，知轻行重。而且知行互发，“知之愈明，则行之愈笃；则知之益明”。
心性理欲论 在人性论上，朱熹发挥了
张载和程颐的天地之性与气质之性的观点，认为“天地之性”或“天命之性”是专指理言，有至善的、完美无缺的；“气质之性”则以理与气杂而言，有善有不善，两者统一在人身上，缺一则“做人不得”。与“天命之性”和“气质之性”有联系的，还有“道心、人心”的理论。朱熹认为，“道心”出于天理或性命之正，本来便禀受得仁义礼智之心，发而为恻隐、羞恶、是非、辞让，则为善。“人心”出于形气之私，是指饥食渴饮之类。如是，虽圣人亦不能无人心。不过圣人不以人心为主，而以道心为主。他认为“道心”与“人心”的关系既矛盾又联结，“道心”需要通过“人心”来安顿，“道心”与“人心”还有主从关系，“人心”须听命于“道心”。朱熹从心性说出发，探讨了天理人欲问题 。他以为人心有私欲，所以危殆；道心是天理，所以精微。因此朱熹提出了“遏人欲而存天理”的主张。朱熹承认人们正当的物质生活的欲望，反对
佛教笼统地倡导无欲，他反对超过延续生存条件的物质欲望。
美学思想 在朱熹的哲学体系中包含有对美与艺术的理论。他认为美是给人以美感的形式和道德的善的统一。基于美是外在形式的美和内在道德的善相统一的观点，朱熹探讨了文与质、文与道的问题。认为文与质、文与道和谐统一才是完美的。朱熹还多次谈到乐的问题。他把乐与礼联系起来，贯穿了他把乐纳入礼以维护统治秩序的理学根本精神。朱熹对“文”、“道”关系的解决，在哲学思辨的深度上超过了前人。他对
《诗经》与《楚辞》的研究，也经常表现出敏锐的审美洞察力。
影响 朱熹是理学的集大成者，中国封建时代儒家的主要代表人物之一。他的学术思想，在中国元明清三代，一直是封建统治阶级的官方哲学，标志着封建社会意识形态的更趋完备。元朝皇庆二年（1313）复科举，诏定以朱熹
《四书集注》试士子，朱学定为科场程式。
朱元璋洪武二年（1369）科举以朱熹等“传注为宗”。朱学遂成为巩固封建社会统治秩序的强有力精神支柱。它强化了“三纲五常”，对后期封建社会的变革，起了一定的阻碍作用。朱熹的学术思想在世界文化史上，也有重要影响。朱熹的主要哲学著作有《四书集注》、
《四书或问》、《太极图说解》、《通书解》、《西铭解》、
《周易本义》、《易学启蒙》等。此外有
《朱子语类》，是他与弟子们的问答录。