木薯淀粉与其他淀粉不同之处在于，其杂质(脂肪、蛋白质和
灰分)含量低，直链淀粉含量比其他品种淀粉的低，而且直链淀粉和支链淀粉的分子量都较高。木薯淀粉中少量的磷可以部分除去，像马铃薯淀粉那样结合成磷脂酸，有的时候蛋白质和脂肪值为0也是很正常的。很低的蛋白质和脂肪含量是木薯淀粉与其他谷物淀粉的区别，这一点非常重要。
与
玉米淀粉(直链淀粉含量0-70%)和
稻谷淀粉(直链淀粉含量0-40%)不同的是，木薯淀粉中直链淀粉含量通常在17%-20%，变化不大。与其他淀粉类似，木薯淀粉的直链分子中并非完全没有支链，但其支链值低于玉米、马铃薯、大米和小麦。
玉米淀粉与木薯淀粉相比存在很多的共性需求，但玉米淀粉由于指标以及性能上的差异，导致在一些领域无法完全替代木薯淀粉。例如在一些高端的食品、造纸以及
变性淀粉领域，木薯淀粉的刚性需求还是比较稳定的。即使玉米淀粉价格远低于木薯淀粉，价格并不是衡量两者替代关系的唯一因素。另一方面，去年曾经有段时间玉米淀粉明显高于木薯淀粉，部分淀粉糖企业曾考虑用木薯淀粉替代玉米淀粉在淀粉糖行业进行生产，但实验结果表明，目前国内工艺尚不能完全成熟的利用木薯淀粉转化为淀粉糖。
我们在以食品中举例说明下玉米淀粉无法完全替代木薯淀粉。木薯淀粉在食品方面是作
增稠剂和稳定剂，它对食品的食味没有什么贡献，能够完整、直接地呈现食物自身的味道。木薯淀粉以其质地、稳定性等物理性质以及对原食品的食味影响小而长期用于婴儿食品。这些特殊性能是玉米淀粉以及其他淀粉很难达到的。
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