零添加酱油就是把生酱油加热杀菌后，没有添加防腐剂，助鲜剂，着色剂，增稠剂，甜味剂(有的加了白砂糖，如下图)等食品添加剂配制的普通酱油。
你说的普通酱油应该是生酱油经过加热杀菌后，添加食品添加剂(如助鲜剂、着色剂、甜味剂、增稠剂、防腐剂等)配制的酱油。
某零添加酱油的营养成分表如下图，其食盐含量约为12%。
添加了食品添加剂，如谷氨酸钠(味精)、5-呈味核苔酸二钠(助鲜剂)、山梨酸钾(防腐剂)、三氯蔗糖(甜味剂)、酵母抽提物(天然鲜味剂)的酱油，其食盐含量约为14%。
由此可见，零添加酱油也是一种普通酱油，与你说的有食品添加剂的普通酱油相比，区别如下:
最大的区别在于前者没有添加食品添加剂，但有的零添加酱油加了白砂糖(天然甜味剂)或酵母抽提物(天然鲜味剂)。
其次是口感和味道区别较大，前者的鲜香、甜味远不如后者。
第三，前者不能用来上色，后者中添加了焦糖色的酱油则可用于红烧肉等菜品上色。
第四，两者防腐的原理不完全相同。
前者主要依靠食盐的防腐作用，确保开盖前在保质期内不变质。在酱油中，食盐是天然防腐剂，又是重要的原材料和天然调味剂(起提鲜和提供咸味)，因在GB 2760的食品分类中列为调味品，故被认为是食品而不是食品添加剂，在酱油包装上标示零添加酱油就是在打擦边球。事实上食盐吃多了会使血压升高，对健康影响很大。
后者除了食盐的防腐作用外，还有食品防腐剂的防腐作用，可抑制耐盐的产膜性酵母菌(能使酱油长毛)生长繁殖。故前者开盖后保存不当很容易长毛(生霉)，后者就基本上不会。
以千禾零添加酱油为例，直接对比配料表就能看出区别。千禾零添加酱油的配料表里只有非转基因黄豆、小麦、盐和水这几种食品，但是普通酱油的配料表中大多数都会含有谷氨酸钠（味精）、山梨酸钾/苯甲酸钠（防腐剂）。当然，零添加酱油和普通酱油酿造出的产品口感也是有不同的，虽然普通酱油可以通过添加味精提高氨基酸态氮或者蛋白质的含量，但是通过酿造出来和外源添加的，还是能吃出区别，像千禾零添加酱油，鲜得就很自然，豆香、酱香很明显，有小时候酱油的味道。