元朝时，中央政府设立了澎湖巡检司管辖澎湖和台湾地区。元代澎湖巡检司设于元朝末年至元年间，隶属于泉州府同安县。这是大陆政府在澎湖建立正式政权机构的开始。。1384年（明太祖洪武十七年），因为实施海禁政策而废除澎湖巡检司。1563年，考量到沿海治安等因素，复设。1622年，荷兰人占领澎湖。1624年，明军收复澎湖。
澎湖寨巡检司，或称澎湖巡检司，设置于澎湖列岛。设治时间1292年（元世祖至元二十九年）也就是根据一般史书及元史、新元史，考定：“蒙元世祖远征日本因风失败，迂回台湾，道经澎湖设治澎湖，企图进取台湾，作为征日本之准备。”该地方区划隶属于福建泉州府，主官为澎湖寨巡检。澎湖巡检司不但是澎湖群岛的首次行政区划，也是台湾地区的首次官署设置，但台湾本岛并未在内。这一机构原本设于澎湖岛，负责管理台澎地区事务。击败元朝取得中国政权的明朝仍依循前例于澎湖设置该官署。到了明代，由于倭寇出没，台澎地处海隅，明政府遂采取坚壁清野政策，1384年因为实施封海政策，予以废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检司。此官署直至1622年，荷兰占领澎湖，1624年通过澎湖之战明朝收复澎湖。
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