1、低温事业部
主要负责低温产品在北京、天津、河北北部、内蒙古、黑龙江、吉林、辽宁、江西、广西、广东、福建、海南等地的三元低温产品的生产和销售。
2、常温事业部
主要负责常温产品在北京、天津、河北北部、内蒙古、黑龙江、吉林、辽宁、江西、广西、广东、福建、海南等地的三元低温产品的生产和销售。
3、送奶到户事业部
主要负责三元产品的送奶到户业务生产及销售。
4、干酪奶粉事业部
主要负责三元大包奶粉、乳清、炼乳、干酪产品的生产及销售。
5、华东事业部
2010年4月，经首都农业集团、北京三元食品股份有限公司董事会批准，为实现产销协调一体化运行，加快三元产品华东、山东市场的营销工作全面推进，发挥资源集约共享的优势，成立 北京三元食品股份有限公司华东事业部，以市场为导向实行事业部制，统辖上海三元乳业有限公司、山东三元乳业有限公司、江苏三元双宝乳业有限公司。
华东事业部生产、营销的液奶产品共有三元品牌的灭菌砖、灭菌枕、百利包3大系列37个品种。公司员工总数已经近700人。
北京三元食品股份有限公司华东事业部将续写三元品牌半个多世纪辉煌历史，创新发展，兢兢业业打造首都品质，放心三元的产品理念， 为华东地区、山东省的消费者奉献来自首都的、人民大会堂宴会使用的健康、放心的牛奶。 三元牛奶2008年全系列经受住了考验，没有检测出来“三聚氰胺”，可控的奶源，带来放心的品质，谨慎负责的作风，造就一流品质的“放心奶”。
主要负责山东、上海、江苏、浙江等地区三元产品的生产及销售。 1、澳大利亚三元经贸有限公司
是北京三元食品股份有限公司在澳大利亚独资设立的境外企业。澳洲三元注册资本587.03万澳元，经营范围：从事澳大利亚乳制品及食品添加辅料等的贸易。澳洲三元充分利用澳大利亚的乳业优势，在澳大利亚采购优质低价原料，为北京三元食品股份有限公司的快速发展奠定了坚实的基础。
2、河北三元食品有限公司
河北三元食品有限公司于2008年12月10日登记注册，是一家集畜牧科技研究、新产品开发、乳与乳制品 加工、销售于一体的大型乳品企业，系北京三元食品股份有限公司的全资子公司，隶属于拥有总资产150亿元的北京首都农业集团（原北京三元集团）。公司现有4家乳品加工厂、1家包装厂、1家奶牛养殖场。公司液奶产品共有灭菌砖、灭菌枕、百利 包3大系列37个品种；豆粉、豆奶粉、成人配方奶粉、婴幼儿配方奶粉共计3大品类5大系列23个品种已上市。液奶主销3个省区市场，奶粉主销13个省区市场。公司员工总数近2500人。
河北三元食品有限公司负责河北南部、河南、山西、安徽、湖南、湖北、陕西、重庆、四川、云南、贵州、宁夏、青海、甘肃、新疆、西藏等地三元液态奶的生产销售及全国小包装奶粉的生产和销售。 1、呼伦贝尔三元乳业有限责任公司
呼伦贝尔三元乳业有限责任公司，是2000年3月成立的由北京三元食品股份有限责任公司控股的中外合资企业。公司日加工 鲜奶能力300吨，现有员工372名。主要产品有“三元”牌奶粉、奶油、液态奶、精制乳糖、干酪素等五个系列十几个品种，其中全脂奶粉、脱脂奶粉、全脂甜 奶粉、奶油是中国绿色食品发展中心认定的“绿色食品”。是呼伦贝尔市最大的乳制品综合加工企业，是中国农学会确定的“绿色奶业示范基地”。
公司经营范围主要包括牛奶收购、加工、销售乳制品相关的产品（国家法律、法规规定应经审批的，未获审批前不得生产经营。公司主营业务为牛奶收购、乳制品加工及销售。
呼伦贝尔三元乳品公司生产线
2、北京三元梅园乳品发展有限公司
梅园乳品店创立于上世纪八十年代， 以经营宫廷奶品为特色。
从第一家梅园台基厂店开业，到今天已发展到拥有三十家分店的大型三元梅园乳品发展有限公司。
宫廷奶品乃宫廷御膳之珍品，后传入了民间，有诗云：“奶茶有铺独京华，乳酪如冰浸齿牙”。赞誉了宫廷奶品的做工精致、口感细腻、鲜新美味和不可多得。为了 使这一美味珍馐源 远流长，北京市牛奶公司当年聘请末代皇帝的胞弟溥杰先生、相声艺术大师侯宝林先生为名誉顾问。聘请御膳房传人指导、挖掘、整理了十几种宫廷秘方，将这特有古老的传统美食与现代企业文化相结合，带给人们全新的饮食观念。梅园的宫廷奶品曾二次东渡日本参加世界食品博览会受到世界各国的赞誉。
为将这一中华民族特有的奶品文化发扬光大，2004年8月，由北京三元食品股份有限公司和北京市牛奶公司共同出资1000万元， 成立了北京三元梅园乳品发展有限公司。
3、迁安三元食品有限公司
系经唐山市商务局以唐商外资字（2004）150号文批准成立的有限责任公司，由河北省人民政府于2004年11月3日颁发商外资冀唐市字（2004）0115号《中华人民共和国外商投资企业批准证书》，于2004年11月10日取得唐山市工商行政管理局颁发的营业执照，公司经营期限20年，注册资本人民币5000.00万元），公司始终严格生产过程 的每一道工序并涉足每一个细微环节，使临三元食品更加尊贵.在“绿色、诚信、共赢”的公司方针指引下。取得了“企业、种植户、客户”的三赢奇效，欣得业界 人士和用户的广泛推崇和胜赞。
公司主要生产经营生产乳以及乳制品、鲜奶收购、良种奶牛养殖与销售、良种奶牛生产的技术支持和服务、销售本公司产品等等。
4、上海三元乳业有限公司
上海三元乳业有限公司于2009年12月登记注册，是以营销“三元”品牌全系列乳制品的公司，系北京三元食品股份有限公司的子公司。位于中国经济发展龙头的上海，营销主要范围覆盖山东省及华东地区。
5、柳州三元天爱乳业有限公司
柳州三元天爱乳业有限公司：前身是柳州市奶业有限责任公司，2004年 经企业改制，由北京三元食品股份有限公司全资收购成立。
柳州三元天爱乳业有限公司拥有羊角山、鹧鸪江等老牌国营奶场，拥有2000亩 优质草地和1500头奶牛，集50年奶牛养 殖经验和20年乳品加工技术于一身，是柳州市奶业的龙头企业，其生产的“三元”牌、天爱”牌鲜牛 奶、酸牛奶质量上乘，深受消费者欢迎。
经营范围：消毒牛奶、含乳饮料、植物蛋白饮料、酸牛奶生产销售；饲草、饲料、水产品、畜产品销售；自有门面租赁；奶牛饲养与销售。
6、北京八达岭乳业有限公司
2002年11月14日，北京三元食品股份有限公司与与延庆畜牧服务中心签订合资合作协议，双方以净资产出资组建北京八达岭乳业有限公司。公司注册资金960.7万元，北京三元出资672.49万元占总股比的70%。该公司地处北京市延庆县，占地22亩，主要产品为奶粉。
7、北京百鑫经贸有限公司
原名为北京百鑫经贸公司，是北京市德瑞实业公司所属的全民所有制企业，于2003年8月15日经主管单位北京三元集团有限责任公司京三元集团发[2003]255号文批准，改制为有限公司，更名为现名。公司经营期限20年，注册资本2,403.43万元。
公司经营范围及主营业务主要包括商贸信息咨询（中介除外）。
8、新乡市三元食品有限公司
暂无
9、天津三元乳业有限公司
是由三元食品股份有限公司和天津海翔集团有限公司共同投资组建的有限责任公司。公司于2001年7月6日正式注册成立，经营期限15年，注册资本902万元。公司住所：静海县双塘镇东双塘村。公司经营范围：乳业品制造。主营业务：乳业品制造。 1、北京三元德宏房地产开发有限公司
暂无 1、北京麦当劳食品有限公司
注册资本2080万美元，北京三元食品股份有限公司拥有其总股份的50%。北京麦当劳食品有限公司从事中西餐饮服务及销售餐厅食品和冷热饮料等，北京三元食品股份有限公司做为主要供应商为其提供奶酪等乳制品。 1、山东三元乳业有限公司
山东三元乳业有限公司隶属首都农业发展集团，坐落于潍坊市坊子区，占地面积240亩，总建筑面积70000平方米。公司持有固定资产9600万，注册资金8000万人民币，主要负责乳制品（液体乳、饮料）的生产。预计日产销量达300吨以上。
公司秉承质量第一的经营理念，坚信奶源是生产第一车间，严把原料奶质量关。
公司从德国、瑞典、英国、丹麦引进具有世界领先水平的检验设备和生产线，严格对原料、半成品及成品进行包括酸度、三聚氰胺、拮抗剂、抗生素、乳房炎、大肠菌群等理化和微生物指标的检测。特别是引进高效液相、SNAP抗生素快速检测仪等先进设备和方法对三聚氰胺、拮抗剂和抗生素等进行严格检测，严防不安全原料奶进厂生产。
公司共有19条生产线，以生产百利包、利乐枕、利乐砖包装形式的超高温灭菌奶及含乳饮料系列产品为主，包括纯牛奶系列、麦香系列、哈酸乳系列、大红枣系列等，另外，公司还生产爱克林、大果粒、百利包、八连杯等酸奶产品。
山东三元的全体员工会团结奋进，以提高国民体制为己任，以不断满足消费者的需求为己任，真诚的服务奉献社会。
2、唐山市三元食品有限公司
唐山市三元食品有限公司注册资本103,425,000元人民币，经营范围为乳及乳制品制造和蛋白饮料制造。
3、江苏三元双宝乳业有限公司
暂无 1、北京圣德顺饮品有限公司
北京圣德顺饮品有限公司成立于2009年10月，注册资金200万元人民币。主营业务为生产销售植物性蛋白饮品。2009年12月，北京圣德顺饮品有限公司与北京三元食品股份有限公司签订合作协议，按照合同规定，北京圣德顺饮品有限公司可依法使用三元品牌，生产和销售“三元”牌植物性蛋白饮品。
2、宏图世纪（北京）食品有限公司
宏图世纪（北京）食品有限公司成立于2009年11月，注册资金100万元人民币。主营业务为生产销售预包装食品和散装食品。2009年12月，宏图世纪（北京）食品有限公司与北京三元食品股份有限公司签订合作协议，按照合同规定，宏图世纪（北京）食品有限公司可依法使用三元品牌，生产和销售“三元”牌八宝粥。
