PCR扩增技术已广泛地用于分离目的基因。如果知道目的基因的全序列或其两侧的序列，可以通过合成一对与模板DNA互补的引物，十分有效地扩增出含目的基因的DNA片段，采用常规PCR技术扩增分离目的基因比较方便，但必须知道待扩增目的基因DNA片段的核苷酸序列，或者至少要求DNA片段两端长约20bp的序列是已知的，这样才能设计PCR引物进行有效做PCR扩增反应。
此外，利用常规PCR反应，允许扩增的DNA片段长度一般在1kb以内，超过1kb时扩增效果显著下降。对于扩增未知核苷酸序列的目的基因，或是那些长达几千碱基对的大基因，则需要选择特殊类型的PCR策略，目前已采用的有套式PCR、反向PCR、不对称PCR、锚定PCR、长程PCR、反转录PCR、锅柄PCR和AluPCR等。
PCR扩增：是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法