属于新石器时代的遗址众多。
不完全统计有华南的洞穴遗址、贝丘遗址、华北的磁山文化、华中的彭头山文化（见彭头山遗址）、半坡文化遗址、姜寨遗址、河姆渡文化遗址、大溪文化遗址；
山东龙山文化、河南龙山文化遗址、良渚文化遗址、石家河文化遗址、山东章丘城子崖城址，河南淮阳平粮台城址，湖北天门石家河、湖南澧县城头山的城址等等。
现着重列举如下：
1、洞穴遗址（新石器时代早期）
地点在春湾镇高村牛窿洞，陂面镇紫云岩、赤豹岩，石望乡马腰岩，春城镇崩石埇、旧石角，马水乡蛤窿洞。
这7个石灰岩洞穴均发现遗存有剑齿象、纳马象、犀牛、熊、鹿、野猪、豪猪、猪獾、牛、羊、鼬等动物的牙及骨化石、烧骨和螺壳等，在旧石角洞穴还采集到新石器时代绳纹夹砂粗陶7件。
但未发现人类使用的工具，还未能足以证实是古人类居住的文化遗址。有待今后发掘，进一步弄清其文化内涵，然后再作确切结论。
2、彭头山遗址（新石器时代中期）
彭头山遗址，位于湖南省澧县大坪乡平原中部，全国重点文物保护单位。
彭头山遗址主要文化堆积为彭头山文化时期遗存， 是长江流域最早的新石器时代文化，年代距今约8200－7800年。彭头山遗址的文化面貌与以往所发掘过的新石器时代文化面貌完全不同，已被命名为彭头山文化。
3、姜寨遗址（新石器时代晚期）
姜寨遗址，中国黄河中游新石器时代以仰韶文化为主的遗址。位于陕西省临潼区城北，地处临河东岸的第二台地姜寨遗址上。
姜寨遗址位于陕西省西安市临潼区人民北路，地处临河东岸的第二台地上。面积约5万平方米。
1972～1979年，西安半坡博物馆和临潼区文化馆合作，由巩启明等主持进行11次大规模发掘，揭露面积1.658万平方米，是迄今中国新石器时代聚落遗址中，发掘面积最大的一处。
该遗址仰韶文化堆积由下到上依次为半坡类型、史家类型、庙底沟类型和半坡晚期类型（或称西王村类型）。
4、半坡遗址（新石器时代晚期）
半坡遗址位于陕西省西安市东郊灞桥区浐河东岸，是黄河流域一处典型的原始社会母系氏族公社村落遗址，属新石器时代仰韶文化，距今6000年以上。
1953年春，西北文物清理队在西安东部浐河东岸的二级阶地上发现了半坡遗址。同年9月，中科院考古研究所进行了较深入的调查，发现遗址面积约5万平方米。1954一1957年，先后进行了五次较大规模的发掘，揭露面积1万平方米。
已发掘出46座房屋、200多个窖穴、6座陶窑遗址、250座墓葬，出土生产工具和生活用品约1万件，还有粟、菜籽遗存。半坡遗址博物馆于1958年4月28日建成开放。
5、平粮台古城遗址（新石器时代末期）
平粮台古城遗址是中国新石器时代晚期龙山文化城址。位于河南省 淮阳县东南4公里的大朱村西南方。平粮台古城址即是宛丘之地，距今已有4600多年的历史，是我国目前发掘出土进代最早的一座古城址。
我国第一部诗歌总集《诗经》里的《陈风宛丘》以及《东门之枌》、《尔雅注疏》、《晋书》中均有记载。根据史书记载和地理方位分析，平粮台可能是太昊之墟、神农之都的古宛丘都城。
这座古城时代最早、面积最大、保留最好，对研究我国古代城市的出现、国家的起源、早期奴隶制等重大学术问题，有着重要的价值和意义。
参考资料：百度百科-半坡遗址
参考资料：百度百科-彭头山遗址
参考资料：百度百科-平粮台古城遗址
参考资料：百度百科-洞穴遗址
参考资料：百度百科-姜寨遗址
早期主要文化遗存有裴李岗文化和磁山文化为代表。
中期主要有大汶口文化、仰韶文化和红山文化为代表。
其中大汶口文化遗址位于泰山南麓泰安市郊区大汶口镇，大汶河东西贯穿，将其分为南北两片。遗址总面积80余万平方米，文化层堆积2~3米，是大汶口文化的发现地和命名地，大汶口遗址包括了大汶口文化发展的全过程，距今4500~6400年，为新石器时代遗址。1982年被国务院公布为全国重点文物保护单位。
仰韶文化遗址，位于河南省三门峡市渑池县城北9公里处的仰韶村。并于1961年3月，国务院将其定为国家重点文物保护单位。
红山文化是位于辽宁西部、内蒙古东部距今五千多年的农业文明，是中国已知出现最早的文明。1988年，牛河梁红山文化遗址被国务院公布为全国重点文物保护单位，2004年被国家文物局列为重点大遗址，2006年又被列入重设的《中国世界文化遗产预备名单》，2013年，赤峰市与朝阳市宣布将联合对红山文化进行申遗。
晚期主要以龙山文化和良渚文化为代表。
良渚文化遗址位于杭州城北18公里处余杭区良渚镇。1936年发现的良渚遗址，实际上是余杭县的良渚、瓶窑、安溪三镇之间许多遗址的总称。是新石器时代晚期人类聚居的地方。年代为公元前3300年至公元前2000年，是长江下游良渚文化的代表性遗址。遗址总面积约34平方公里。2012年良渚遗址被列入《中国世界文化遗产预备名单》，2016年，将申报世界文化遗产。良渚古城遗址总面积为290万平方米，是中国目前所发现的同时其规模最大、建筑水平最高的古城遗址，堪称“中华第一城”！本回答被提问者和网友采纳