中国几千年的历史，杀功臣既不是从秦开始，也没有因为秦朝的灭亡而结束。最根本的原因在于制度、人性、君权的不容挑战等方面的原因。
1.任何对君权造成威胁的人，都不可能有好下场。
一人之下的执政大臣如商君卫鞅，作为秦国的变法强臣，在秦国拥有不亚于秦孝公的政治影响力，在政治上影响力就意味着权力。秦孝公在位时，卫鞅会感念其知遇之恩，并且孝公拥有着丰富的军事战斗经验，于公于私都不会轻举妄动，当初因为变法利益受损的贵族集团畏惧秦孝公，也不敢对商鞅下手。
秦惠文王等位，公子虔、公孙贾等复仇势力和贵族复辟势力必然勾连在一起，至商鞅于死地。嬴驷还是太子时，由于触犯新法被处罚，一朝君临天下定然想报复，正是这种心理被窥见，公子虔等人的复仇行为，得以顺利实现。
2.人性层面
在秦国变法完成之时，不懂得功成身退，智者千虑必有一失，大才商鞅就是明证。赵良曾劝告商君，通过国君的宠臣推荐被重用，结怨于秦国贵族，要及时放弃封地、权位，以求自保。商鞅还是舍不得放下，以及过分自信。自古以来功劳越大，就意味着危险越大，非秦国所独有。
3.在制度上，以古人的认知水平没办法做到，较为清晰的划分国君与执政大臣（丞相）权力范围。
执政大臣统领百官、协理阴阳，一人之下万人之上，在言行上稍有差池，就会被国君猜忌，可能死于非命。君权与丞相之间的权力矛盾，伴随中国封建社会几千年，自明太祖朱元璋彻底废除丞相制度才终结。最高政治权力，不能合理清晰的分配，宰执大臣只要不被君王信任，随时会有生命危险，汉武帝时期丞相有一半死于非命就是例证。但这对于最高政治权力来说是非常危险的，如果只是一般层次的权力划分问题，最多导致相互之间推诿不负责。
4.君臣之间的关系
君臣之间的关系，更多的是相互之间利用、猜疑，君王真正做到宽容、信任臣子，大臣完全忠诚于君王，不计较个人的生死得失，为君主出谋划策，这都是少数。更多的是学好文武艺，卖于帝王家，得到个人的富贵、使家族受惠。以儒家的学说来看，君臣关系是伦理尊卑问题。以法家学说来看，君臣之间就是利益关系，君王需要时刻防范臣下。历代王朝的帝王，明面上都是尊儒学崇尚孝道，实则绝大多数都是以法家来治国，越是明君越是如此。
商鞅被秦惠文王下令车裂，是因为曾经触犯嬴驷，并且出于稳定政治局势的需要被处死。李斯被秦二世下令腰斩，蒙毅兄弟死于非命，不过是赵高借胡亥之手害死的，这是赵高自己想篡权，怂恿胡亥下诏的，不能简单责怪秦国君王无情。秦始皇时期，对大多数功臣还是厚待的。政治斗争从来只有利益，没有任何人情可讲，这非秦所独有，权力对人的腐蚀和诱惑力太大，没有多少人能够禁得起考验。
中国封建社会的朝代更迭是很快的，自秦朝统一全国，开始中央集权制之后，就没有任何一个王朝能超过三百年，三百年这个时间节点就好像一个魔咒一样，将中国历代王朝的命运定格那个时间节点之前。
《史记》中有一句我们耳熟能详的话是这样说的：“飞鸟尽，良弓藏，狡兔死，走狗烹”，我们都很熟悉的一句话，就是说，能陪皇帝打江山的人很多，但是大都不会有好下场。
而历史上杀开国功臣的皇帝也很多，我们最熟悉的就是刘邦和朱元璋了，这两个皇帝都是布衣出身，与那些本身出身名门贵族的皇帝不同，他们当上皇帝后，特别害怕有人夺他们的皇位，因此上，他们在为期间就杀了很多的功臣，以确保后代子孙皇位的绝对安全性。
刘邦在夺取天下后，分别杀了与自己一起打天下的韩信、卢绾、彭越、英布等，而被杀的这些人中，大都是异姓王，刘邦辛苦几十年打下的天下，为了守住刘家天下，自然是不能允许对刘家天下有威胁的人存在的。而另外一位朱元璋，在称帝之后，杀的开国功臣那就更多了，其中胡惟庸和蓝玉案杀得最多，据说有三万多人，开国第一谋士李善长也是难逃一死。
开国皇帝如此的喜欢诛杀功臣，并不是说他们喜好杀戮，而是有一定原因的，在皇帝坐上龙椅之后，他的心思便和当初陪他打天下的大臣们不一样了，皇帝们心中想的是长治久安、这些人能继续辅佐自己，自己的皇位可以遗传万世。
而大臣们心中想的则是要封疆裂土，成为一方诸侯，从此吃着俸禄，安度余生。而在起义之初，皇帝和大臣们有一个共同的目标，那就是推翻现任统治者，所以双方有一个共同的目标，因此可以相安无事，而一旦事成后，皇帝想着约束大臣，而大臣想着要享受一人之下，万人之上自由的权利，双方的矛盾也就此产生。
历朝历代的都很喜欢干一件事情，那就是诛杀功臣。他们之所以要诛杀这些功臣，无外乎这三个原因。其一，功臣们功高震主，君王封无可封，其中典型的就是。其二，功臣跋扈，居功自傲，扰乱统治秩序，就是其中的代表。其三就是功臣势大，皇帝担心其威胁后继君主的权威，典型代表就是诛杀。
历代的雄主，如汉高祖、唐太宗、明太祖等都有诛杀功臣的行为，哪怕是手段温和的都有的典故留下。从这里我们就可以看出，诛杀功臣是开国君主的通常做法，但是历史上却有一位有名的“暴君”，他就没有诛杀功臣，也没有剥夺功臣们的权利和地位，他就是秦始皇。很难想象，在传统观念中、杀人如麻的秦始皇居然是历史上唯二(另一个是)没有对功臣下手的开国君王。
很多人都在想秦始皇为什么敢留下功臣，而不对功臣们下手，难道他不担心功臣们造他儿子的反或将之架空吗？秦始皇之所以不诛杀功臣，是因为他没有诛杀功臣的必要性。皇帝诛杀开国功臣的理由也就只有上面讲过的那三个。第一个理由根本就不成立，功高震主对秦始皇来说根本就不存在。身为第一个统一天下的皇帝，并且还做下了书同文、车同轨、收百越、拒匈奴等功绩的秦始皇，基本就是当时功劳最大的一个人了，哪有什么功臣可以挑战他的地位。
第二个理由也不成立，因为从秦孝公任用商鞅变法之后，秦国就已经形成了一个稳定的统治秩序和一个强大的统治阶级，功臣们本身就是这个秩序的既得利益者和统治阶级内部的一员，他们根本就没有必要和能力来破坏现有的统治秩序。并且功臣们灭六国的功劳，本身就是在秦国强大的国力支持下而建立，他们也就没有居功自傲的资格了。
第三个理由也就更不成立了。秦国到秦始皇时期，已经延续了500多年，早就形成了一个稳定的传承秩序，并且功臣集团只是当时内部势力的一小部分，功臣们根本就没有能力来架空后继君王，就如同后来赐死一般，功臣们都没有能力反抗或者说没有反抗的意愿。所以秦始皇当然就不会诛杀功臣了。
除此之外，秦始皇不诛杀功臣，或许还有留下他们来辅佐后继之君的想法。秦朝当时的统一，只是依靠强大的武力来强行统一的，当时的六国遗民对秦朝还没有多少的归属感，所以凭借着秦始皇的雄才大略，他应该知道，他死后会出现六国贵族反叛的情况。所以秦始皇才留下了开国的功臣，因为只有他们才可以镇压住规模巨大的六国复辟运动。
只不过出乎秦始皇预料的是，赵高和李斯没有遵循他的遗诏立扶苏为帝，反而立下了胡亥。并且扶苏也没有凭借着蒙恬和长城军团的支持来反对胡亥的继位，反而和蒙恬一起自杀了。于是秦朝在赵高和胡亥的胡作非为之下，脱离了秦始皇的预料，走向了彻底的灭亡，否则的话，凭借着驻守南越和长城的军团，秦朝未必不可以再次统一天下。
因为秦始皇暴虐，胡亥是赵高扶上去的。