自雍正皇帝创立军机处以后，中枢机构权力发生了转变，内阁的地位日轻。同时，军机处在有清一代都不是一个正式衙门，因而从名义上来说，内阁仍然是级别最高的衙门。而且，军机处的创建和壮大，也并不意味着替代内阁。在实际处理政务的过程中，它们之间有着较为复杂的关系。
清代内阁的演变
内阁和军机处是清代直接辅佐皇帝治国理民的最重要机构。大体上说，乾隆以前，内阁起主要作用；乾隆之后，军机处则在辅佐皇权方面地位更为突出。
一般认为，内阁制度沿自明代。明代自洪武十三年（1380）废除丞相制度后，析中书省之政归于六部，殿阁大学士只备顾问，中枢决策之权完全操于皇帝一人之手。到了洪、宣之世，内阁大学士身兼部职，阁权渐崇。景泰中期，又有吏部尚书入内阁者，而后阁权日重。
嘉靖以后，内阁大学士的朝位班次，俱列部臣之上，六部则完全承奉其意旨行事。于是，阁臣的职权又大体恢复到原来丞相的地位。
清朝于顺治元年（1644）入关之后，定内外文武官制，内自阁、部以至庶司，外官藩臬守令、提镇将弁，略仿明制而损益之。然而，这个内外文武官制的制定，有一个过程。明朝意义上的内阁之制是在顺治十五年（1658）才确立的。此前辅佐皇帝理政的中枢机构，则是从关外带来的“内三院”。也就是说，清朝的内阁之制还有一个从“内三院”到“内阁”的转变。
内三院，即内国史院、内秘书院和内弘文院。天聪三年（1629），太宗建文馆于盛京，与儒臣分直，与诸贝勒共同商议军政重事。天聪十年（1636），改文馆为内三院。顺治元年，清军入关，仍然以内三院为辅佐皇帝理政的机构。十五年，则将内三院更名为内阁，然而这一次不仅仅是更名，而是有一些实质性的转变。
清代内阁在设置上也仿明旧制，以大学士分兼殿阁，或者说，大学士俱加殿阁衔，有中和殿大学士、保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士和东阁大学士之称。四殿二阁之制，沿自明代。
乾隆十三年（1748）年，裁中和殿增体仁阁，而以三殿三阁为定制；同时针对以前内阁大学士未有定员，而出现康熙年间满汉大学士率用四员，雍正年间多用至六员，更或增置一二协办大学士的情况，规定：大学士满、汉各二员；协办大学士满、汉各一员，或二员，因人酌派。
内阁的职掌
内阁掌议天下之政，具体职掌为：“进本”、“票拟加签”、“御门进折本”、“巡幸发递本报”、“勾到”、“收发红本”、“收存揭帖”、“颁发书籍”、“恭拟谥号”、“撰拟匾额字样”、“承宣谕旨”、“请用御宝”等等。这些职掌中，核心事务在于处理题奏本章。当本章送至内阁后，由阁臣看阅、票拟和进呈。
清代内阁设大学士、协办大学士、学士、侍读学士、侍读、典籍和中书等职。大学士掌钧国政、赞诏命、厘宪典、议大礼大政，裁决可否入告；协办大学士辅之；学士掌敷奏；侍读学士掌典校；侍读掌勘对；典籍掌出纳文书；中书掌撰拟、翻译。而具体办理本章事务，实际上由侍读学士、侍读管理，由中书分办。
内阁大学士因办理本章而“赞理机务”，因参与议礼而表率百官，是以朝位班次位于六部之上。然而，雍正年间设立军机处之后，内阁大学士“必充军机，始得预政事”，其地位每况愈下。内阁大学士辅佐机务的地位和作用，不再是因为其身为阁臣，而是因为职兼部务。于是，内阁作为辅佐皇帝的机构，其地位和作用也渐渐为军机处超越。
军机处设立及其职掌
军机处的设立，据《清史稿》记载：
“雍正七年（1729），用兵西北，虑泄机密，始设军机房，后改军机处。”
乾隆即位后，取消军机处，改设总理处。乾隆二年，又因为“军务尚未全竣，且朕日理万机亦间有特旨交出之事”恢复军机处，并诏令永为定制。
军机处的设立与军事有关，并且乾隆中叶以前，军机处尚不是全面辅佐皇帝治国理政的机构。从乾隆十九年用兵准噶尔部开始，到乾隆五十四年撤兵安南，期间军事不断，军国大计在皇帝的“万机”中压倒一切。军机处也就从参与军机，而渐渐成为全面辅佐皇帝治国理政的中枢。
嘉庆年间，御史何良烺以
“军机处承办一切事务，与兵部专司戎政者不同”
，上疏建议更定名目。嘉庆帝的答复是：
“自军机处创设以来，一切承旨书谕及办理各件，皆关系机要，此与前代所称平章军国重事相相仿，非专指运筹决胜而言”
，因此，终清之世，军机处一直与内阁并存。
从军机处的设立的本意看，它是中枢机构的一个值班制度。由于宫廷的禁例和大臣理事的规矩，负有直接辅佐皇帝处理机务之责的内阁大臣便不能为皇帝方便地使唤；皇帝也无法随时召唤近在咫尺的内阁大臣，这样势必会出现皇帝与阁臣难以随时配合的问题。
明代皇帝解决这个办法的手段是任用宦官，清代吸取宦官擅权的教训，于是启用近臣作为御前班子，入值内廷，以解决皇帝或内阁的不便。顺治时，皇帝亲至票本房，大学士在御前票拟，但这不是一个长久的办法。康熙时选调翰林官入值南书房，也是一个尝试。雍正因为军机紧急吗，选调内阁学士“日值禁廷，以待召见”，而形成军机处制度，从而使原本的值班制度演变成一个新的中枢机构。
军机处“掌书谕旨，综军国之要，以赞上治机务”，在办理机务、承写密旨方面的地位和作用取代了内阁。彭寿在《安乐康平室随笔》中记载：
“自军机处设立后，大学士即不参预机务。内阁承办事，以逐日票拟各部各省所进题本之批旨，及承发明谕、发钞奏折为大宗，然皆中书分任之，侍读管理之，大学士特授成而已。如无大典礼或大会议，大学士终年不至内阁，故必兼管一部，方有趋公之地耳。其有兼差甚多者，则以位高望重，别予管领，于阁务无异也。”
