（1）大蒜细菌性软腐病 大蒜染病后，先从叶缘或中脉发病，沿叶缘或中脉形成黄白色条斑，可贯穿整个叶片，湿度大时，病部呈黄褐色软腐状。一般基部叶先发病，后逐渐向上部叶片扩展，致全株枯黄或死亡。
防治方法：发病初期喷洒77%可杀得可湿性微粒粉剂500倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或14%络氨铜水剂300倍液，或72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，隔7～10天1次，视病情连续防治2～3次。
（2）病毒病 大蒜病毒病的种类及其症状：
大蒜花叶病毒病：由于是“种蒜”（鳞茎）带毒，所以在栽种的蒜瓣出苗后1周左右就开始出现不同程度的病毒症状，表现为叶尖发黄干枯，以后症状从叶尖逐渐向叶片下部发展，叶片出现黄绿相间的条纹，也可出现大小不一的碎黄点或枯斑。栽种2个月左右，病情发展较为严重，在集中成片栽种大蒜的地区，这段时间蒜苗就像成熟的大蒜那样发黄。植株矮化，且个别植株心叶被邻近叶片包住，呈卷曲状畸形。病株鳞茎变小，或蒜瓣及须根减少，严重的蒜瓣僵硬。罹病大蒜产量和品质明显下降，造成种性退化。农民常称为黄叶病或“矮缩病”等。以鳞茎、汁液、蚜虫、蓟马及线虫等传播。
大蒜潜隐病毒病：是大蒜潜隐病毒侵染大蒜植株引起的病害。其田间病株不表现出任何带病毒症状，并不影响产量。但在自然条件下，该病毒多数与大蒜花叶病毒混合侵染大蒜植株，被侵染的病株常常呈现出系统花叶症状。以鳞茎、汁液和蚜虫等传播。
大蒜黄矮病毒病：是大蒜黄矮病毒侵染大蒜植株引起的病害。其田间病株症状是新叶出现淡黄花条纹，叶片扭曲下垂，叶面不平，植株矮化，根系发育不良。该病毒主要以鳞茎、汁液、线虫及蚜虫等传毒。
大蒜褪绿条斑病毒病：是大蒜褪绿条斑病毒侵染大蒜植株引起的病害。其田间病株症状是呈现出明显的黄色褪绿条斑，有不同程度的植株矮化，瘦弱纤细，叶片蜡质消失而无光泽，呈现半卷曲状。有时上下叶片捻在一起卷曲成筒状，心叶不能抽出。一般不能抽薹，轻病株抽薹后，薹上有明显褪绿块斑。根系发育不良，根须短而少，并呈现出黄褐色。该病毒主要以鳞茎、汁液、蓟马及蚜虫等传播。
大蒜黄条斑病毒病：是大蒜黄条斑病毒侵染引起的病害。其田间病株带毒症状是呈现出明显黄条斑状的褪绿花叶，叶片扭曲畸形。
此外，烟草花叶病毒（TMV）也侵染为害大蒜植株，但其数量较少。
防治方法：①大蒜脱毒。试验证明，对蒜瓣进行热处理、药物浸种等方法都不能除去病毒，防治效果不佳。唯一根除的措施是采用茎尖脱毒的组织培养方法。这样产生的无毒大蒜可使产量猛增，大大提高了大蒜的商品价值。②科学的栽培管理。首先应选好种蒜，选择感病轻、无损伤的蒜头，于播前7～10天剥瓣，最好按蒜瓣大中小播种，使得生长整齐，便于管理。二是选择肥沃排水良好的地块，明涝暗溃都可使病毒病加重。三是选择好播种时间，大蒜播期不能随意提前。如在湖北省孝感市近郊，于7月底至8月下旬播种的，因气温偏高，病毒繁殖速度快，田间多表现重度发病，苗弱，生长迟缓。四是在苗期增施磷酸二氢钾等钾肥，可促进生长，缓解病情。③喷施83增抗剂。吕祖慧（1993）3个点试验，用稀释10倍的83增抗剂喷施大蒜叶片4次，施药时间分别为：3～4叶期喷第1次；间隔20～25天喷第2次。第2次施药半个月后，病毒症状明显改善，长势优于对照；次年在霜期过后，大蒜抽薹前1个月，喷第3次药；抽薹前7～10天喷第4次药，可减轻病害，增产蒜薹和蒜头10%以上。④严格选种，尽可能建立原种基地。
（3）线虫病 该病危害新叶不能开展，不定向弯曲，卷缩折叠，畸形矮化，叶呈扭曲状。鳞茎变粗而短，鳞茎外部变褐并破裂，鳞茎内部向外膨胀露出，形成植株的“破腹”症状。在蒜头形成期间受害时，鳞茎盘上的蒜瓣腐烂脱皮，呈现出裸露蒜头或蒜头腐烂。根系不长或发沤，用手一拽根即脱落。常与缺肥水或病毒病和根蛆危害相伴发生，线虫在地下，肉眼又不易识别。
防治方法：①清洁田园，消灭越冬虫源。②实行3～4年轮作制。③种蒜地块适时灌溉并翻晒，播前可对蒜田进行大水漫灌，以造成缺氧环境，使线虫窒息而死；同时还应进行多次翻耕，暴晒土壤杀死线虫。④结合防治根蛆，用辛硫磷灌根兼治，或用苦参杀虫剂药物进行防治。
（4）葱地种蝇 葱地种蝇别名蒜蛆、葱蝇、葱蛆。危害大葱、洋葱、大蒜、韭菜等百合科蔬菜。为害特点，幼虫蛀入大蒜植株假茎及鳞茎，引起腐烂、叶片枯黄、萎蔫，甚至成片死亡。
防治方法：①施用经充分腐熟的有机肥，并采用地膜覆盖栽培。②防治成虫，在成虫发生始期喷洒21%灭杀毙6000倍液，或2.5%溴氰菊酯乳油3000倍液，或90%敌百虫800倍液。③防治幼虫，发现蛆害后，可用80%敌敌畏1000倍液，或50%辛硫磷1000倍液，或90%敌百虫1000倍液灌根。
此外，葱蓟马、蚜虫也危害大蒜。蚜虫用40%乐果乳剂1000倍防治；出苗后及时喷施40%乐果乳剂1000倍液防治蓟马，隔15～20天再防治1次。
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