1、化学式不一样。
维生素B2的化学式为C17H21O6N44，式量为376.37。
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维生素B12的化学式为C63H88O14N14PCo，式量为1355.37。
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2、其他名称不一样。
维生素B2又叫核黄素，又叫维他命B2、乙种维生素二。
维生素B12又叫钴胺素，氰钴胺，动物蛋白因子，抗恶性贫血维生素，是唯一含金属元素的维生素。
3、性质不一样。
维生素B2是水溶性维生素，但微溶于水，在27.5℃下，溶解度为12mg/100mL。可溶于氯化钠溶液，易溶于稀的氢氧化钠溶液，在碱性溶液中容易溶解，在强酸溶液中稳定。耐热、耐氧化。光照及紫外照射引起不可逆的分解。
维生素B12为浅红色的针状结晶，易溶于水和乙醇，在pH值4.5～5.0弱酸条件下最稳定，强酸（pH<2）或碱性溶液中分解，遇热可有一定程度破坏，但短时间的高温消毒损失小，遇强光或紫外线易被破坏。普通烹调过程损失量约30%。
4、功能不一样。
维生素B2主要参与的生化反应有呼吸链能量产生，氨基酸、脂类氧化，嘌呤碱转化为尿酸，芳香族化合物的羟化，蛋白质与某些激素的合成，铁的转运、储存及动员，参与叶酸、吡多醛、尼克酸的代谢等。
维生素B12主要有两个：①作为甲基转移酶的辅因子，参与蛋氨酸、胸腺嘧啶等的合成；②保护叶酸在细胞内的转移和贮存。
5、过量危害不一样。
维生素B2摄取过多，可能引起瘙痒、麻痹、流鼻血、灼热感、刺痛等。假如正在服用抗癌药，如氨甲喋呤的话，则过量的B2会减低这些抗癌剂的效用。
维生素B12是人体内每天需要量最少的一种，过量的维生素B12会产生毒副作用，可出现哮喘、荨麻疹、湿疹、面部浮肿、寒颤等过敏反应，也可能相发神经兴奋、心前区痛和心悸。维生素B12摄入过多还可导致叶酸的缺乏。
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参考资料来源：/baike.baidu.com/item/%E7%BB%B4%E7%94%9F%E7%B4%A0B12"target="_blank"title="百度百科—维生素B12">百度百科—维生素B12