办公室
主要职责：负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转和综合协调工作；承担政务信息、政务公开、保密、宣传、信访政务督查工作；负责局机关行政后勤工作；协调水利突发事件应急管理工作。
编制人事科
主要职责：负责局机关和直属单位的机构编制和人事工资、劳动保障管理和教育培训工作；承办全市水利行业、局属单位的职称评聘工作；负责水利体制改革的有关工作。
水政水资源科
主要职责：依据国家水利法律法规，制定全市水利工作政策；承办普法教育工作；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；指导水利行政许可工作并监督检查；负责水政监察和水行政执法，协调监督水土保持和渔政执法工作；协调县际重大水事纠纷；承办行政复议、行政应诉、行政赔偿及其他法律事物；负责水资源统一管理保护和节约用水工作，指导全市计划用水和节约用水工作。
规划基建科
主要职责：拟定全市水利发展规划，组织编制市内流域水利综合规划、专业规划和专项规划；负责水利固定资产投资有关项目建议书、可行性研究报告及初步设计等前期工作的管理和审查上报工作；负责市内水利工程建设项目合规性审查工作。编制上报年度基本建设计划；指导水利基本建设工程建设管理；指导水利建设市场的监督管理；负责跨县和重点水利工程建设管理工作。组织开展对全市水利基本建设项目进行稽察、监督；受理工程建设举报，组织对水利建设项目违规违纪事件的调查。编制全市水利科学技术发展规划；组织贯彻水利行业技术标准、规程、规范并监督实施；组织实施水利科学技术研究、技术引进和科技推广；组织水利科技成果鉴定；组织指导节水技术示范应用。
计划财务科
主要职责：编制市级水利部门预决算；承担市级水利资金和直属单位国有资产的监督管理工作，依照有关法律法规负责全市水利规费征收；承担机关财务管理，负责财务、统计人员培训工作，指导直属单位的财务管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议；提出全市水利固定资产投资规模和方向建议；编制全市水利基本建设项目投资计划；承担水利综合统计。
水库管理科
主要职责：负责编制全市水库工程改造规划；指导全市水库工程安全运行和维护管理；组织指导水库的安全监督工作；组织实施水库的除险加固、岁修及应急处理工程；指导全省水库工程的供水管理工作。
