专利保护与商业秘密保护制度的不同有：
1.申请专利权要按照一定的法定程序，按照规定去授予专利权，最后申请专利的技术信息还要向社会公开，并且法定的保护期内对专利权的技术信息独占使用的权利。
2.商业秘密权不需要审批，是技术信息的所有人根据法律规定，会签订保密协议，约定这项技术秘密信息在没有公开前，可以有权利无限期使用。
【法律依据】
根据《专利法》第三条，国务院专利行政部门负责管理全国的专利工作；统一受理和审查专利申请，依法授予专利权。省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门负责本行政区域内的专利管理工作。