学校组织机构的设置除了明确依据，还必须遵循一些重要原则。
一、精干效率原则
所谓精干效率原则是指学校组织机构的设置要精简实用，人员精干，有利于提高工作效率和社会效益。工作效率是指耗费的时间与获得绩效的比值。在相同时间内完成的工作量大，或完成同等的工作任务耗费的时间少，则工作效率高。但效率高并不等于给社会带来的好处多。社会效益是指国家投入的各种物质资源获得的绩效，给社会带来的好处大，价值高，那么他的工作社会效益就高。如果学校的组织机构设置科学，工作的方向目标正确，那么工作的效率和效益才能成正比。
二、统一指挥原则
所谓统一指挥原则是指在一个组织机构内要建立一个统一的行政领导和指挥系统，下级只接受一个上级的直接指挥，不能有多重指挥或多头领导。
但集中领导和统一指挥知识管理的一个方面，如果无限制盲目地集中和统一，就会削弱下级人员的主动性。滋长依赖和消极等待情绪。因此，集中领导和统一指挥必须与分级管理结合起来，每个上级领导对下级都有一个分权和授权的问题。分权和授权的大小和多少则应视组织的实际情况而定。
三、管理幅度原则
所谓管理幅度原则是指一个组织或领导人员直接管辖的下级组织或人员数量或范围要适当合理。幅度过宽，则力不从心；这是人们在管理实践活动中总结出来的一条规律。
影响管理幅度的因素包括领导或管理人员自身的素质水平，下属人员的工作能力及技术手段，下属工作的性质和难易程度等多种因素。
由于管理幅度的限制，一个较大规模的组织机构，就会产生横向和纵向的职能分工，即产生纵向的管理层次和横向的部门分工。管理幅度和层次关系成反比，形成两种组织结构模式。如果执行较窄的管理幅度，那么组织就要分为较多的层次，组织结构就像一座金字塔，称之为纵深式的结构。如果执行较宽的管理幅度，那么管理层次就可以减少，组织结构看起来像是一个长方形，称之为扁平式结构。
管理幅度和层次是否恰当，直接影响管理的效率。层次过多，工作运行周期长，运转速度就慢；层次过少，管理幅度就大，工作过于集中，超过正常的承受能力，也会影响管理效率。
四、职权责统一原则
所谓职权责统一原则是指一定的组织机构和相应的岗位职务必须承担一定的职责，并授予相应的职权，使职责和职权保持统一，既避免有责无权，也避免有权无责，保证每一个职位能有人在其位谋其政，行其权，尽其责。
职权是指人们在一定职位上完成任务所必须拥有的权力；职责是指下级不仅要委派职责，而且应授予相应的权利。有多大的权力就应承担多大的责任；有多大的责任，就需要有多大的权力。上级不宜包办代替下级的工作；下级也不应有超越自己职责范围的权力；平行机构之间不应争权，也不应相互推诿。权责分离必然造成滥用职权或无人负责。
五、系统平衡原则
所谓系统平衡原则是指学校组织机构设置要从整体出发，形成个整体协调统一，功能健全，具有良好的自我调节能力的有机系统。
它作为学校组织的实体要成为整个社会组织系统的一个有机的子系统。首先应使自身组织成为一个相对独立的系统，根据社会的需要或目标实现的要求，使之充分发挥整体功能，并在动态中，不断调整自己，保持平衡；同时，现代科学管理要求组织机构的功能必须健全，否则，难以使整体功能得到充分有效地发挥。
学校组织机构不只是一个决策指挥系统，还要具有执行、监控、反馈等健全的功能，形成一个具有信息系统功能的连续封闭回路。这样在与外部环境的交换中，才能保证组织活动的协调一致，产生一种新的放大了的组织合力。