区别主要在于工作职责上，具体如下
县直工委主要职责：
1、宣传和执行党的路线、方针、政策，宣传和执行党中央、上级组织和本级组织的决议，发挥党组织的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用。
2、组织党员认真学习马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想和党的路线、方针、政策以及决议，学习科学、文化和业务知识。
3、对党员进行严格管理，督促党员履行义务，保障党员权利不受侵犯。
4、做好机关工作人员的思想政治工作，推进机关社会主义精神文明建设；了解、反映群众的意见，维护群众的正当权益，帮助群众解决实际困难。
5、对入党积极分子进行教育、培养和考察，做好发展党员工作。
6、审批县直各部门机关党组织领导成员的组成。
7、配合纪检部门做好县直单位纪律检查工作。
8、负责县直武装部的日常工作。
9、完成县委交办的其它工作。
县委组织部主要职责：
1、研究和指导党组织特别是党的基层组织的建设，探索在各类新经济组织中党组织设置和活动方式的有关问题；研究、协调和指导党员教育，主管党员的管理和发展工作；组织开展新时期党的建设的理论研究。
2、负责干部宏观管理工作，认真履行“综合、协调、指导、监督”职能，根据上级精神，向县委提出理顺干部管理体制、划分干部管理权限 的意见，会同有关部门提出乡局级领导班子职数、职务设置方案，经县委同意后组织实施；
负责抓好干部人事制度改革工作；负责贯彻执行和结合实际研究制定选拔任用干部的标准、程序；统筹协调干部工作中的有关问题；负责抓好干部双重管理工作。
3、提出关于乡镇（区）和县直副科级以上单位以及其他列入县委管理的领导班子调整、配备的意见和建议，按常委会决定做好通气、谈话、公示、发文、到位等工作；负责县委管理干部的考察及其任免、工资、待遇、出国（境）、退（离）休审批手续的办理；
负责军转营职干部的安置工作；负责对外援助干部的选派、轮换、考察管理及内调安置等工作；负责归口管理老干部工作；负责干部档案和干部统计工作的综合指导；抓好乡局级领导班子的思想作风建设。
4、负责全县党群机关及人大、政协等机关参照实行《国家公务员暂行条例》的组织实施、综合指导。
5、组织落实培养选拔中青年干部、妇女干部、少数民族干部、非党干部的有关规划和方案。
6、负责干部监督工作的宏观指导，负责组织工作和干部工作的检查督促，及时向市委组织部和县委反映重要情况；
负责县委管理干部现实问题调查核实及参与对反映有问题的乡局级领导班子情况的调查了解，负责对贯彻执行《党政领导干部选拔任用工作暂行条例》工作进行监督，抓好干部监督制度的落实和历史遗留问题的审查。
7、制订干部教育规划，组织县委管理的干部和一定层次的中青年干部的培训 ；指导、协调、检查全县的干部教育工作。
8、调查了解知识分子工作情况，检查贯彻执行知识分子政策的情况，参与专家拔尖人才的选拔管理。
9、指导县属国有企业搞好企业党的建设和领导班子建设，积极探索适应市场经济发展要求的企业用人机制和管理体制。
10、负责县直机关党的建设的指导、监督及党员发展、教育与管理工作。
11、承办县委和省、市委组织部交办的其他事项。
扩展资料：
在县里，一级党组织是县委（县委组织部是其工作部门），其次就是县机关工委（二级），县机关工委受县委领导，一般称为**县直机关工委。同时县下面各部门，企事业单位依照党规可以设置党委，党总支，党支部等众多党组织。
县委是中国共产党县一级委员会机构的简称，中国共产党县一级委员会的简称。它领导县一级人民政府，并为党组织吸纳优秀的党员。
参考资料来源：百度百科——县直机关
1、县直工委主要职责：
（一）宣传和执行党的路线、方针、政策，宣传和执行党中央、上级组织和本级组织的决议，发挥党组织的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用。
（二）组织党员认真学习马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想和党的路线、方针、政策以及决议，学习科学、文化和业务知识。
（三）对党员进行严格管理，督促党员履行义务，保障党员权利不受侵犯。
（四）做好机关工作人员的思想政治工作，推进机关社会主义精神文明建设；了解、反映群众的意见，维护群众的正当权益，帮助群众解决实际困难。
（五）对入党积极分子进行教育、培养和考察，做好发展党员工作。
（六）审批县直各部门机关党组织领导成员的组成。
（七）配合纪检部门做好县直单位纪律检查工作。
（八）负责县直武装部的日常工作。
（九）完成县委交办的其它工作。
2、县委组织部主要职责：
（一）研究和指导党组织特别是党的基层组织的建设，探索在各类新经济组织中党组织设置和活动方式的有关问题；研究、协调和指导党员教育，主管党员的管理和发展工作；组织开展新时期党的建设的理论研究。
（二）负责干部宏观管理工作，认真履行“综合、协调、指导、监督”职能，根据上级精神，向县委提出理顺干部管理体制、划分干部管理权限 的意见，会同有关部门提出乡局级领导班子职数、职务设置方案，经县委同意后组织实施；负责抓好干部人事制度改革工作；负责贯彻执行和结合实际研究制定选拔任用干部的标准、程序；统筹协调干部工作中的有关问题；负责抓好干部双重管理工作。
（三）提出关于乡镇（区）和县直副科级以上单位以及其他列入县委管理的领导班子调整、配备的意见和建议，按常委会决定做好通气、谈话、公示、发文、到位等工作；负责县委管理干部的考察及其任免、工资、待遇、出国（境）、退（离）休审批手续的办理；负责军转营职干部的安置工作；负责对外援助干部的选派、轮换、考察管理及内调安置等工作；负责归口管理老干部工作；负责干部档案和干部统计工作的综合指导；抓好乡局级领导班子的思想作风建设。
（四）负责全县党群机关及人大、政协等机关参照实行《国家公务员暂行条例》的组织实施、综合指导。
（五）组织落实培养选拔中青年干部、妇女干部、少数民族干部、非党干部的有关规划和方案。
（六）负责干部监督工作的宏观指导，负责组织工作和干部工作的检查督促，及时向市委组织部和县委反映重要情况；负责县委管理干部现实问题调查核实及参与对反映有问题的乡局级领导班子情况的调查了解，负责对贯彻执行《党政领导干部选拔任用工作暂行条例》工作进行监督，抓好干部监督制度的落实和历史遗留问题的审查。
（七）制订干部教育规划，组织县委管理的干部和一定层次的中青年干部的培训 ；指导、协调、检查全县的干部教育工作。
（八）调查了解知识分子工作情况，检查贯彻执行知识分子政策的情况，参与专家拔尖人才的选拔管理。
（九）指导县属国有企业搞好企业党的建设和领导班子建设，积极探索适应市场经济发展要求的企业用人机制和管理体制。
（十）负责县直机关党的建设的指导、监督及党员发展、教育与管理工作。
（十一）承办县委和省、市委组织部交办的其他事项。