换句话说，汉武帝为什么要杀司马迁呢？因为司马迁在《史记》里面说了很多汉武帝的“坏话”？汉武帝看了《史记》吐血三升，大骂着要把司马迁大卸八块？
事实上，种种迹象表明，汉武帝并没有看过《史记》，也不知道司马迁的《史记》里有没有说他“坏话”。当然，我们现在也无法知道当初司马迁笔下的《史记》里《武帝本纪》写的什么了，毕竟那部分已经佚失了，现在我们看到的版本是后人补记的。
汉武帝有一次差点“杀”了司马迁，不过却不是因为《史记》公元前99年，李广的孙子李陵，因不甘于给贰师将军李广利做后勤，向汉武帝自请五千步兵涉匈奴单于庭。结果可想而知，虽然李陵战斗力惊人，虽然被无数匈奴兵团团围困，却杀死了匈奴万余人，最终因寡不敌众，兵败被擒，投降匈奴。
因为被派去迎李陵的公孙敖军未果，于是对李陵大加污蔑。群臣亦附和，唯有太史令司马迁正义心爆棚，替李陵说了几句好话，尤其是他认为李陵不会投降，结果被李陵狠狠打了脸。随即送去廷尉审理。汉武帝时期，正是量刑最严苛的时期，结果，司马迁被定了个“欺君诬上”的罪名，论罪当斩。
但是，汉武帝当时的法律有些罪过是可以拿钱或者受宫刑来抵死罪的。只不过，司马迁当时家里可拿不出来那么多钱，再加上他这些年来，为了写《史记》，也没什么时间应酬，自然也就没什么朋友，没人借钱，也没人给他求情。最后，为了完成其父司马谈完成《史记》的夙愿，司马迁还是蒙受耻辱而接受了宫刑。
受刑后的司马迁
为什么说司马迁受宫刑不是由于《史记》而被汉武帝报复呢，因为司马迁受了刑以后，反而还升官了。
司马迁后来摇身一变，成为了朝廷的中书令，而且还很可能是中国历史上第一位中书令。中书是汉武帝增设的了一个内廷宦官机构，与外廷丞相等朝臣相对应，其主要职责是负责在皇帝书房整理宫内的文库档案等，与皇帝有频繁接触的机会，而中书的主官即为中书令，可见其地位之尊贵。
所以，后来，任安后来给司马迁写信，劝他多给汉武帝推荐人才。司马迁的回信《报任安书》里写了他的事情。他也怀念当初义气风发的少年时光，也深感宫刑之耻辱，因自卑而心灰意冷，他只想做好自己的本职工作，而不愿去做一些额外的工作了。变到他与李陵的关系，司马迁说他跟李陵并不算好友，只不过是相识一场，对他的人品、功绩较为赞赏，才为李陵救情，结果被冠对“诋毁贰师将军而替李陵开脱”的罪责，终受宫刑之苦。