建议先详细查下各自操作步骤、仪器本身、参数设置有没有问题。一般情况下，
RTK测量误差应在3公分以内，
全站仪测距一公里误差也应该不超过1公分。二者的结果肯定是有误差的，但是10多公分的互差肯定是出错了。
如果排除操作原因，仪器精度原因和全站仪参数设置原因（气压、温度、折光、地球曲率等），GPS距离和全站仪距离差到10CM，最大的可能性应该出在坐标转换系统上。
GPS的坐标成果是经过投影和转换的，投影面高程为0或者2000m，GPS所测距离会有较大变化，首先你要确定你的投影面高程是否正确。其次，减小带宽。如果作业区离
中央子午线较远，会产生较大的投影变形。把坐标系统带宽换算成1.5度或者更小，把测区置于中央子午线上再试试，尽量减少投影变形。
我记得曾经看到网友说在云贵地区由于投影面高程问题导致全站仪和GPS的距离误差大至20-30CM/KM，建议你用上述方法重新计算比较。