如下：
1.课堂情况掌握不够
作为一门副科，在平时一周一般最多上两次课，这就造成教师与学生接触时间短，了解时间有限的局面。
特别是在办公室的时间也大大小于其他老师的时间，其他科目老师在办公室需要判作业、备课，一般副科教师，不需要做这些，即使需要也是三四十分钟的时间，这样就减少了和其他老师交流学生学习情况的时间。
2.部分家长对副科教师担任班主任持观望态度
长时间的影响，家长只认可主课老师担任班主任，对副科课教师担任班主任还是持观望态度。对于他们来说，副科教师担任班主任无非是教师严重缺乏或者是副科教师“走后门”才当上的。他们对这种改革称怀疑状，甚至可以说是抱着很不客观的态度。
3.副科教学管理与班主任平时教学管理方式区别较大其一，学生在观念中认为体育教学特点是宽松和活泼，行为规范要求比较放松。班主任管理方式不得力，学生不适应，会有落差感，会感觉失望，不利于班级师生感情的建立。
其二，副课教学管理与平时纪律管理要求不一致，作为班主任更多的是行为规范、学习习惯养成等，要求学生从细节入手，比普通体育教师对行为习惯要求更高，势必造成学生的不适应。
4.学法指导需要经常与任课教师沟通
由于平时任教科目的特殊性，学生在课堂学习及作业情况方面不易及时了解。当学生在学习中遇到的困难，与各任课老师多沟通交流，才能对学生提出改进的意见，因此，对课堂或课后的学法指导造成一定的困难。
体育教师担任班主任的优势
1.体育教师的个人优势
大家都知道，班主任是和学生接触最多的老师，也是最熟悉全班学生学习情况的老师。而担任体育的大多数老师都性格比较开朗，并且大多接触学生时是在体育课上，或者是在班会上。
大多是在谈论一些学习之外的事情，并且是在一种非常愉悦的气氛下，这样更容易加深师生感情。所以，体育教师担任班主任更容易和学生交朋友，学生更容易和班主任谈心里话。
2.体育教师的工作优势
体育课大多是在室外进行，学生都处于一种极度放松状态，特别是在体育课的自由活动时间，体育教师更容易和学生亲近，在与学生活动的过程中了解学生的性格。所以，在体育课中学生更容易了解每个学生。