多发工资是基于财务人员的错误认识而产生的，属于不当得利，属于基于错误的劳动关系认识而产生的，其渊源是劳动关系，所以产生的纠纷应当由劳动仲裁处理。
公司如果想要回多发的工资，首先应以协商为主，尽可能通过协商方式要回，此种方式时间、财力成本较低。第二种，通过向法院提起诉讼的方式。第三种，通过直接向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁。请注意，不同地域对受理机构有不同见解，如果你的公司真的遇到这样的问题，建议咨询当地法院、劳动人事争议仲裁委员会。
劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
根据该规定，劳动报酬争议属于劳动人事争议仲裁委员会的受理范围，虽然该范围并未明确用人单位多发的争议是否属于受理范围，但是结合《劳动争议调解仲裁法》立法目的，第一条为了公正及时解决劳动争议，保护当事人合法权益，促进劳动关系和谐稳定，制定本法。
基于劳动关系而产生的不当得利争议属于劳动报酬争议，由劳动人事争议仲裁委员会受理更有利于保障企业的合法权益，平衡劳资双方的权利与义务。
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