甲午战争失败，李鸿章曾哀叹：“我办了一辈子的事，练兵也，海军也，都是纸糊的老虎，何尝能实在放手办理，不过勉强涂饰，虚有其表。”
他失去了北洋水师，更失去了昔日显赫的权势。但是在1900年，出任粤督的李鸿章又东山再起，再次成为左右清朝政局的关键性人物。
这一切，都与一件事有关。
原来，1900年春，清政府派袁世凯率军入鲁，将两年前首揭义旗的山东义和团暂时镇压下去。但到5、6月间，京城周边地区的义和团掀起了更大规模的反帝斗争。他们迅速控制了津、京地区，影响到全国各地，义和团运动达到高潮。
当时清政府内部矛盾重重，“剿”“抚”两难。但是，列强可不管那么多，他们开始武装干涉。5月各国公使“电本国，请派兵来京”；6月8日列强侵华部队组成八国联军，10日就从天津进攻北京。
清政府只好宣布与各国进入战争状态，并不断发电，要求各封疆大臣北上勤王、共同灭洋。还将在任两广总督的李鸿章，重新调任为清朝封疆大臣中的最高职位：直隶总督兼北洋大臣。
朝廷再度授李鸿章为直隶总督兼北洋大臣，并连续电催其北上。李鸿章搭载轮船抵达上海后，以身体不适为由留下养病，实为观望，部下及亲属也都劝其以马关为前车之鉴，不要再北上，以免又成为替罪羊。
当时的主“剿”派荣禄，以京畿地区的义和团已势大难收为由，与主“抚”派大闹。不过，此时的慈禧企图利用义和团，因此主“抚”派的势力很强。
可是，一听到八国联军向北京推进的消息，主“抚”派却拿不出一个主意，一些官员只空喊“与洋人拼命”，根本提不出什么可行办法。
慈禧这下慌了神，根本无力控制时局，北方局势陷入混乱。
荣禄见与刚毅争夺权力的时已到，开始向军机处提出了速调李接任直督的建议。15日，好似顿时醒悟的慈禧，认为李鸿章就是那根救命稻草，立即命其迅速前来北京。
此外，除了中央调令，地方大员也希望李鸿章北上主持大局。如两江总督刘坤一、湖广总督张之洞和握有东南洋务设施财经实权的盛宣怀，三人一致认为：朝廷想解决问题，非李鸿章不可。可是，李鸿章曾复电盛宣怀，苦诉“国事大乱，政出多门，鄙人何能为力”。
23日，刘、张、盛等联名上奏，要求“电诏李鸿章派为全权大臣”，强调“催李到京，请旨与各使筹议，庶可挽地危局”。
张之洞更加认为李鸿章就是“神人”，他致电出使英、美、日诸国的大臣罗丰禄、伍廷芳、李盛铎等人，说“朝廷已电召李鸿章来京，必使与各国议和”。
一个月后，北方局势更加无法收拾，刘坤一、张之洞、袁世凯等督抚将军13人联名上奏，请对李鸿章“授以全权”。
同年8月14日，八国联军开始攻打北京城。慈禧连续五次召见军机王大臣等，决定“出京”作“暂避之计”。王文韶当日记道：“我蒙召见五次，至刻刻召，仅有刚、赵二人同在，太后云：只剩你三人，务须随驾，其余之人各自回家，已丢我母子不顾矣。”除刚毅、王文韶、赵舒翘三人在值外，御前王大臣等均散值，各自回私宅，慈禧对军机大臣王文韶说：“尔年高，吃此辛苦，我心不安。尔可随后赶来。刚毅、赵舒翘孝能骑马，必须同行。”
次日凌晨，慈禧率光绪及大阿哥溥俊等仓皇出逃，一纸任命：“着李鸿章为全权大臣。”
就在这一天北京沦陷，政府和朝廷逃亡。
在上海“养病”的李鸿章于9月29日抵达天津，直到10月11日才到达北京。
由于压力巨大，在拜会英、德公使后回贤良寺的路上受了风寒，李鸿章一病不起，故作拖延以“漫天要价”的联军沉不住气了，他们唯恐清政府再也没人来收拾这个烂摊子。
实际上，列强也不是全部买李鸿章的帐。最初，各国驻广州领事劝阻李鸿章北上。劝阻不成，列强又在李鸿章全权大臣资格问题上进行争吵。俄、美对李之资格无异议。德、日是强烈反对。英国先是旁观，又表示应由刘坤一和张之洞主持议和，最后却又同意是李鸿章来议和。
面对列强的不同胃口，李鸿章明白，只有拉上奕劻、刘坤一、张之洞和荣禄，才有可能着手议和。
于是，李鸿章请求朝廷增添以上四人为全权大臣。不久，就得到朝廷回复同意。
1901年1月15日，李鸿章和庆亲王奕劻在“议和大纲”上签字。
此外，应列强要求，清政府前后公布了三批“凶犯”名单，共惩处官员一百多人，清政府权力出现真空。李鸿章的淮系集团更加得势，与荣禄一起，控制着袁世凯的北洋新军，又掌握清政府办理“新政”中枢机关“督办政务处”的实权，此时的李鸿章再次成为摇摇欲坠的清国“支柱”。