法律分析：如果月工资2500元，公司对其经济处罚的最高额度不得超过500元(2500元×20%)，因此，若公司以迟到为由扣除超过工资20%的行为是违反相关法律规定的。劳动者可以向当地劳动人事争议仲裁委员会申诉，要求公司退回超额的罚款。
法律依据：《工资支付暂行规定》 第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。