秦始皇之所以要杀吕不韦，主要是因为吕不韦威胁到了秦始皇乃至他母亲的名声。
一直以来成就一番霸业的秦始皇在影视剧以及真实的历史中都没有太多的评头论足，因此我们对秦始皇嬴政这个人的了解也是知之甚少，或许是因为他所生活的那个年代离我们现在太过久远，已经没有真实存在的历史考究，就连秦始皇的身世我们都难以揣测，民间流传他是吕不韦的亲生儿子，而不是当时的秦王，后来嬴政继位之后吕不韦还是和太后私通，这让本就扑朔迷离的身世更加模糊，连朝廷重臣都几乎相信了这个传言，这也是为什么后来嬴政容不下吕不韦这条贱命。
一、玷污了自己和太后的良好名声和尊严
了解历史的人都知道赵姬太后也就是嬴政的亲生母亲原来是吕不韦府上的美人，在这段过程中，两人的关系本来就不清不楚，后来吕不韦为了稳定在朝中的地位把赵姬送给了当时的秦王。后来没过多久嬴政出生了，从那时起嬴政的亲生父亲究竟是谁都是一个谜，后来登基又有人说他都不知是不是皇族后代，而且吕不韦依然与赵太后不清不楚，这使得一时间传言更甚，嬴政感受到吕不韦的存在对自己的地位有一定的威胁，从这时起就有了杀心，吕不韦冥冥中也发现了这一点，为了留住自己的命，向太后举荐了嫪毐作为进臣，没想到嫪毐惑乱后宫发动了东窗事变。
二、被贬后仍然兴风作浪
吕不韦受到嬴政的忌惮，虽然受到贬谪，但是并没有影响到吕不韦对于政治和社交上的发展，甚至各国使臣来到秦国之后除了要拜见作为秦始皇的嬴政之外，居然还会到吕不韦的府上做客。嬴政担心他会借此机会再次发动政变，利用那些比自己弱小的国家力量企图谋反，于是他在信中质问并逼迫吕不韦，强制执行把他驱赶到了巴蜀地带。看到嬴政在信中的逼迫，也很清楚嬴政是不会放过自己的，与其被别人杀死，还不如自我了断，于是吕不韦自己喝了毒酒自杀。
其实嬴政作为秦始皇从来都没有颁布圣旨也没有明令要求吕不韦必须死，造成现在这样的结果都是吕不韦自己玩火过盛，吕不韦原本只是一个商人，可是他经商的那一套在政治上行不通，因此他的行事风格即是成功的原因也是他失败的原因。
秦始皇是史上第一位皇帝，一扫六国，集大权于帝王一身。这虽是创举，但也就意味着惊世骇俗，注定了要遭到各种守旧力量的反扑。
故而，秦朝二世而亡，从这个角度来言，就是六国贵族势力，最后的疯狂反扑导致，只不过被刘邦摘了果子。
刘邦虽比秦始皇要贼多了，上来也先分封，然后再干掉那些异姓王，这才算彻底巩固了皇权一统的历史格局。但刘邦也为此付出了代价，不是至今还被称为“流氓皇帝”吗？一个千古暴君，一个流氓帝王，这就是中国历史上，两位奠定新历史格局者的代价。
而吕不韦是否是秦始皇的亲老爸这个问题，就是这种历史特殊环境中的产物。因为连《史记》自己都打架，玩左右手互搏。
在秦始皇的本纪内，太史公大声宣告：秦始皇是秦庄襄王的亲儿子！但随后，又补刀一句，她老妈最初是吕不韦的小妾，叫赵姬。
而在吕不韦传记内，太史公却又严肃表态：秦始皇的老妈赵姬，嫁给秦庄襄王时，就怀孕啦——
《史记》这一左右互搏可好，搞得连史学家都不敢确定，秦始皇到底是谁儿子了。从两千多年前，一直吵到了现在，还没有公认定论。
可相关影视剧，却都看热闹不嫌事大，纷纷采用：秦始皇是吕不韦亲儿子这一说法。于是在民间就形成了这种认知——其实秦始皇是吕不韦的儿子！
因此，首先要澄清的就是，秦始皇到底是谁儿子，如今没有定论！只有搞明白了这个问题，才能解释清为何秦始皇杀吕不韦了。
其一，赵姬曾是吕不韦小妾，这点是确定的。当秦始皇登基后，由于年岁还小，是太后和相国（吕不韦），共同监国。而赵姬跟吕不韦又旧情未断，两人还有来往。赵姬虽感觉没啥，这是秦国老传统，芈八子做得比老娘我还出格，怕啥？但吕不韦却怕，明白秦始皇终究会长大。于是，便把嫪毐献给赵姬，摆脱了赵姬。
其二，嫪毐这哥们，虽靠赵姬发迹，但却玩得太狠了，想取代秦始皇。这就动了所有秦国贵族的奶酪，因此纷纷力挺秦始皇，干掉了嫪毐。由此秦始皇得到了拥护，手握了大权，反手再干掉吕不韦，就是为了自己能亲政，确定我才是秦国大哥。
所以，秦始皇杀吕不韦，是一次权力斗争。只不过，由于搅合上了赵姬和嫪毐，显得分外八卦，给了人们无限想象和发挥空间罢了！
吕不韦玷污了赵太后乃至自己的名声。在秦始皇还没有出生的时候，吕不韦将赵姬献给了子楚。在嬴政出生后，各大诸侯国就在传闻吕不韦是嬴政的亲生父亲。在嬴政即位后，母亲赵太后依然和吕不韦私通。
后来，吕不韦担心东窗事发，干脆找嫪毐来代替自己去侍奉赵太后。这嫪毐不仅和赵太后存在奸情，甚至生下了两个儿子，这无疑威胁到嬴政的王权。
为此，在镇压了嫪毐势力后，秦王嬴政一并将怒气甩向了赵太后和吕不韦身上。不过，考虑到吕不韦的功劳和求情的人太多，嬴政只是暂时放吕不韦一马。但是，等到事件平息一段时间后，尤其吕不韦的势力逐渐衰弱后，嬴政还是要决定要除掉吕不韦，维护太后和自己的名声。
扩展资料：
推崇法家思想的嬴政，实行的就是商鞅变法时期确立的霸王之道。但是，在吕不韦担任相国职位期间，有意无意的在损伤君主一言堂的权威。比如秦国在商鞅变法后，主张杀敌来升官。
不过在吕不韦掌权后，却在宣传“以义兵诛暴君”，造成秦军军队的杀戮相对减少。再加上吕不韦在《吕氏春秋》中推崇儒家的以德为本，以及王道仁政。由此，政治主张上的不同，促使秦始皇和吕不韦分道扬镳。
最后，秦始皇如果不逼死吕不韦的话，很可能诞生新的“吕大债主，也即妄图来投资国家政权，乃至借钱给列国打仗来获取暴利，如同欧洲的罗斯柴尔德家族。
秦始皇清理吕不韦的根本目的，显然是为了宣示这样一个基本政治原则：债主不能爬在国家头上敲诈勒索，即使资本家吕不韦是自己的亲爹，他也不能压在国家的头上，把国家作为自己投资发财、“大己之门”的工具。
简而言之，正是通过解决吕不韦集团的问题，秦始皇塑造了中国古代封建君主中央集权的基本政治制度。
参考资料来源：搜狗百科-吕不韦
”吕不韦取邯郸诸姬绝好善舞者与居，知有身．子楚（庄襄王）从不韦饮，见而说之，因起为寿，请之．吕不韦怒，念业已破家为子楚，欲以钓奇，乃遂献其姬．姬自知有身，至大期时，生子政．子楚遂姬为夫人．”
但这也不一定就是真的．就算是真的，也不是因知道吕不韦是他父亲而杀他．秦始皇虽然暴，但还不至于到杀母杀的地步．有关秦始皇的母亲的死，实在出于他母亲与大阴人（
lao
ai两字打不出来）通奸，且想废秦始皇而立大阴人之子，秦始皇这才不得以杀了大阴人，灭其九族．但母是否是他杀的，史记中没有讲到．史是这样写的：
”始皇九年，有告lao
ai
实非宦者，常与太后私乱，生子二人，皆匿之．与太后谋曰：’王即薨，以子为后’．于是秦王下吏治，具得实情，事连相国吕不韦（大阴人是吕为进给太后的）．九月，夷lao
ai九族，杀太后生两子，而遂迁太后于雍．欲诛相国，为其先王功大，及宾客辩士为游说者众，王不忍致法．”而太后是在始皇十九年才死的（始皇十九年，太后薨，谥为帝太后，与庄襄王会葬苣阳）．所以秦始皇还没有别人说的那么暴到杀母杀父的地步．
这里要注意了，史记里没说到有人告过吕不韦与太后通奸（始皇帝益壮，太后淫不止．吕不韦恐觉，祸及己，乃私求大阴人lao
ai以为舍人，时纵倡乐，使
lao
ai以其阴关桐轮而行，令太后闻之，以啖太后．太后闻，果私得之．），而连李斯这样的人物都是吕不韦的舍人（史记卷八十七说”至秦，会庄襄王卒，李斯乃求为秦相文信侯吕不韦舍人．不韦贤之，任以为郎），而秦王要朱吕不韦，竟有这么多人为的辩护．试想想，进一个假宦者给太后，这是多大的罪名，竟然还有这么多人为他辩护（欲诛相国，为其先王功大，及宾客辩士为游说者众，王不忍致法．），可想而知当时吕不韦的功与势．这样的人秦始皇就不得不杀，不杀他就坐不住．是以秦始皇于十月”免相国吕不韦．”找机会杀他．
史记里讲：
”岁余，诸侯宾客使者相望于道，请文信侯．秦王恐其为变，乃赐文信侯书曰：’君何功于秦？秦封君河南，食十万户！君何亲于秦？号称仲父！其与家属徙处蜀！’吕不韦自度稍侵，恐诛，乃饮鸩而死．”
秦始皇杀吕不韦，实乃恐其势大，深为己患而已．当然也有点太后方面的缘因，但那是次要的．