新三板创新层和基础层有3点不同：
一、两者的实质不同：
1、新三板创新层的实质：指根据新三板分层制度的有关规定，全国股转系统将所有在新三板挂牌的公司，划分为创新层和基础层两个层级，符合不同标准的挂牌公司分别纳入创新层或基础层管理。
2、新三板基础层的实质：指，根据新三板分层制度的有关规定，全国股转系统将所有在新三板挂牌的公司，划分为基础层的层级。
二、两者的规定不同：
1、新三板创新层的规定：
（1）最近两年连续盈利，且年平均净利润不少于2000万元（以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据）；最近两年加权平均净资产收益率平均不低于10%（以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据）。
（2）最近两年营业收入连续增长，且年均复合增长率不低于50%；最近两年营业收入平均不低于4000万元；股本不少于2000万股。
（3）最近有成交的60个做市转让日的平均市值不少于6亿元；最近一年年末股东权益不少于5000万元；做市商家数不少于6家；合格投资者不少于50人。
2、新三板基础层的规定：
其它所有未入选创新层的股票，全部列入基础层。需要指出的是，挂牌公司所属市场层级及其调整，不代表全国股转公司对挂牌公司投资价值的判断。
三、两者的意义不同：
1、新三板创新层的意义：通过内部分层，可以在交易制度、发行制度、信息披露的要求等制度供给方面，进行差异化的安排，以最终达成新三板市场持续、健康发展的目标。
2、新三板基础层的意义：随着新三板市场的逐步完善，我国将逐步形成可以满足各种投融资服务需求的多层次资本市场体系。
参考资料来源：百度百科-创新层
参考资料来源：百度百科-基础层
创新层的融资能力更强,体现在平均融资性现金流更高,最终更好的降低了公司的资产负债率。
而且创新层的企业上IPO的潜力比较大。因为大部分的企业都处于基础层。
未来基础层的企业估值可能会占优势，而创新层会处于劣势。
所谓“创新层”，是指根据新三板分层制度的有关规定，全国股转系统将所有在新三板挂牌的公司，划分为创新层和基础层两个层级，符合不同标准的挂牌公司分别纳入创新层或基础层管理。
“基础层”是指，根据新三板分层制度的有关规定，全国股转系统将所有在新三板挂牌的公司，划分为创新层和基础层两个层级，符合不同标准的挂牌公司分别纳入创新层或基础层管理。
根据全国股转公司发布的《全国中小企业股份转让系统挂牌公司分层管理办法（试行）》，本次新三板分层制度主要涉及四大方面，一是明确了创新层的准入标准；二是就申请挂牌公司进入创新层设置了标准；三是就创新层设置了维持标准；四是明确了挂牌公司的层级划分和调整机制。
通过内部分层，可以在交易制度、发行制度、信息披露的要求等制度供给方面，进行差异化的安排，以最终达成新三板市场持续、健康发展的目标。
挂牌公司进入创新层需满足以下条件之一：（1）最近两年连续盈利，且年平均净利润不少于2000万元。
最近两年营业收入连续增长，且年均复合增长率不低于50%；最近两年营业收入平均不低于4000万元；股本不少于2000万股。
创新层：指有交易或者融资记录，且满足下列创新层准入标准的企业。
创新层准入标准有如下三个（符合任意一个即可）：
净利润+净资产收益率+股东人数
⑴最近两年连续盈利，且平均净利润不少于2000万元
⑵最近两年平均净资产收益率不低于10%
⑶最近3个月日均股东人数不少于200人
营业收入复合增长率+营业收入+股本
⑴最近两年营业收入连续增长，且复合增长率不低于50%
⑵最近两年平均营业收入不低于4000万元
⑶股本不少于2000万元
市值+股东权益+做市商家数
⑴最近3个月日均市值不少于6亿元
⑵最近一年年末股东权益不少于5000万元
⑶做市商家数不少于6家
基础层：指挂牌以来无交易或交易极其偶发且尚无融资记录的企业，还包括有交易或者融资记录但暂不满足创新层准入标准的企业。
标准一：净利润+净资产收益率+股东人数
(1)最近两年连续盈利，且平均净利润不少于2000万元（净利润以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据）;
(2)最近两年平均净资产收益率不低于10%（以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据）;
(3)最近3个月日均股东人数不少于200人。
标准二：营业收入复合增长率+营业收入+股本
(1)最近两年营业收入连续增长，且复合增长率不低于50%;
(2)最近两年平均营业收入不低于4000万元;
(3)股本不少于2000万元。
标准三：市值+股东权益+做市商家数
(1)最近3个月日均市值不少于6亿元；
(2)最近一年年末股东权益不少于5000万元；
(3)做市商家数不少于6家。
在达到上述任一标准的基础上，须满足最近3个月内实际成交天数占可成交天数的比例不低于 50%，或者挂牌以来（包括挂牌同时）完成过融资的要求，并符合公司治理、公司运营规范性等共同标准。
已挂牌公司2015年年报披露截止日（2016年4月29日）后，全国股转系统根据分层标准，自动筛选出符合创新层标准的挂牌公司，于2016年5月正式实施。
新挂牌公司满足创新层准入条件的，将直接进入创新层。
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