主要来源有以下几个方面：第一就是外植体自身带菌。许多植物都是栽培在室外，而空气环境中有大量微生物存在，这些微生物可通过植物自然的孔口或伤口进入植物内部，也有一些兼性腐生菌，可由外植体或通过相应的侵入机制侵入植株内部，如果在接种操作前对这些认识不足，对外植体消毒不严，就很容易发生污染现象。
第二是
培养基或接种工具灭菌不彻底。在对培养基灭菌过程中，如果灭菌时间过短、灭菌时温度达不到要求、灭菌锅压力记数不准等因素都有可能导致培养基灭菌不彻底，使一些
病原微生物残留在培养基中，一旦接种后就会造成污染。
使用灭菌不彻底的接种工具，灭过菌的接种工具存放时间过长，都会导致在生产中造成污染，所以生产中要做好培养基和接种工具的灭菌和消毒工作。
第三就是接种室消毒不严。在组培生产过程中，除了植物本身外，大部分污染来源便是来自接种操作室。因为在接种操作室中，未过滤的空气中含有大量的微生物，这些微生物可随着操作人员或植株接触时而发生污染，所以接种室消毒不严，也易引发污染发生。
第四就是人员因素。在整个操作室内，人员是最大的带菌者，其不管在毛发或是衣服等，都隐藏着数不清的微生物。这些微生物的存在都可能造成一定的危害。
为此在进入操作室前，接种人员的工作服、鞋帽都必须进行消毒处理，进入接种室必须换上消毒过的鞋帽，接种前，接种人员必须认真洗手，还要用70%的
乙醇棉球擦拭双手，这样在一定程度上可减轻污染的危害。
第五就是
超净工作台上的滤网过滤不彻底。超净工作台使用过久，或保养不当，而造成滤网坏掉或灰尘过多，导致在接种操作时对空气过滤不彻底，也易产生污染。
第六就是栽培过程污染。在栽培室，组培瓶外和外界气体交换时，亦会有一些微生物进入。污染几率取决于空气中带菌密度与组培瓶空气交换率。