归档文件的整理是以“件”为单位。
根据《归档文件整理规则》，归档文件的整理是以“件”为单位。《归档文件整理规则》是国家档案行业标准，于2015年10月25日由国家档案局发布，自2016年6月1日起实施，代替了2000年的旧版。它规定了归档文件整理的原则和方法，包括装订、分类、排列、编号、编目、装盒等过程。
《归档文件整理规则》中还明确了以“件”为单位进行归档文件整理的具体要求，例如：一般以每份文件为一件，文件正本与定稿为一件，正文与附件为一件，原件与复制件为一件，转发文与被转发文为一件，报表、名册、图册等一册（本）为一件，来文与复文可为一件。
以“件”为单位进行归档文件整理的好处是保持了文件之间的有机联系，反映了文件的形成规律；便于对文件进行分类、排列、编号、编目等操作；方便了档案的保管和利用。
（以上信息整理自中华人民共和国国家档案局官网。）
归档文件的注意事项：
1、在收集归档文件时，要按照《机关文件材料归档范围和文书档案保管期限规定》，剔除不归档的文件材料，如重份文件、普发性文件、未生效文件等。
2、在装订归档文件时，要按照《归档文件整理规则》，确定以件为单位进行装订，用不锈钢钉或线将归档文件固定在一起，注意正本与定稿、正文与附件、原件与复制件、转发文与被转发文等的顺序。
3、在分类归档文件时，要按照年度——保管期限分类法进行分类，区分永久、定期（30年、10年）等保管期限。
4、在编目归档文件时，要按照《文书档案管理归档文件目录编制规则》，在每件文件首页上端加盖归档章并填写相关内容，如全宗号、档号、年度、所属机构、文件题名、责任者、文件编码、载体类型、原件/复印件、保管期限等信息。
5、在装盒归档文件时，要按照《归档文件整理规则》，将归档文件按室编件号顺序装入档案盒，并填写档案盒封面、盒脊及备考表项目。
6、在存放归档文件时，要按照《文书档案管理规定》，选择合适的场地和设备，做好防火、防盗、防尘、防虫、防晒、防潮、防高温、防有害生物、防污染等措施。