建议你赶紧打电话给当初帮你介绍的房产中介公司，你们当里应该有签一式三份的购房合同的。你、中介、卖方各执一份。或者打电话到当地的房产中心咨询一下这种情况怎么补救。
房产证肯定是要办的，小产权房，在没有房产证，只有合同的时候，确实是不受国家法律保护的，而且，大部部份的小产权房房产证要过很久才能拿到。但是，一旦你办好了房产证，也就是过户给你了，这就是国家是承认的了。所以，一定要保护好自己的权益。
我们这边是江苏昆山，也许，各地方政策略有不同，你要自己打电话到有可信力的部门仔细问清楚。
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