根据羌塘盆地东部地球物理特征，盆地基底构造、中生代地层发育和地表出露状态、构造变形特征、深部地壳结构，将研究区中生代盆地划分为北羌塘-昌都坳陷、唐古拉山隆起带和南羌塘坳陷等三个Ⅱ级构造单元。各坳陷内又有次级凸起和凹陷，彼此呈北西西方向展布、相间排列，并被北东向走滑断裂带错移（图3-4）。
图3-4 研究区构造单元划分
（一）北羌塘-昌都坳陷
位于研究区东北部羊湖-金沙江结合带与唐古拉山隆起带之间，中生代盆地基底由石炭纪—二叠纪地层构成，埋深大于4km，地层展布方向北西西-南东东向。晚三叠世包括两个次级构造单元——昌都凹陷和北羌塘凸起，其间以当曲-木塔断裂带（编号F1，属乌兰乌拉湖-当曲-木塔-北澜沧江断裂带中段一部分）。北羌塘凸起是区域上开心岭-杂多隆起带的东南延伸部分，从晚二叠世到中三叠世长期处于隆起状态，基底埋藏深度小于3 km。早侏罗世北羌塘凸起转换为凹陷，昌都凹陷转换为凸起。中侏罗世全区被海水淹没，沉积了雁石坪群“两砂夹一灰”的岩石组合。晚侏罗世—白垩纪普遍缺失沉积，仅沿当曲-木塔断裂有中基性火山岩喷发。
坳陷内构造变形表现出较好的层次性，晚三叠世地层以直立开阔-不对称斜歪状中常褶皱群为主，轴向北西西-南东东，轴迹波状起伏，总体向北西侧伏。中侏罗世为表层滑脱形成的轴向北西向-南东东向隔挡式褶皱。断裂以走向北西西向者规模大，活动历史长。北东向断裂有显著的左行走滑性质，且在其延伸方向往往切割了北西西向断裂。
（二）南羌塘坳陷
介于唐古拉山隆起带与班公湖-康托-兹格塘错-白雄-索县断裂带（F4）之间，呈北西西-南东东向展布。坳陷基底由前石炭世吉塘岩群构成，埋深2～4 km。以112道班-本塔断裂带（F3）界，晚三叠世期间分为索县-左贡凹陷和多玛凸起。早侏罗世期间，索县-左贡成为凸起区，多玛凸起转换为凹陷区，开始了被动大陆北缘漫长的沉积历史。
坳陷内褶皱和断裂构造十分发育。褶皱轴向北西西-南东东，不同期次褶皱呈同向共轴叠加。断裂变形以北西西向右行斜冲断层带最为发育。