办土地证，两本若分割给同一个土地权利人，显示是不允许的，因为土地证针对的是“宗地”概念，土地登记的基本单元是“宗地”，宗地是土地权属封闭的区域。国土资源管理部门一般也不会违反规定，给你同一个人办成两本。
办房产证，倒没关系，因为《房屋登记办法》规定国有土地范围内成套住房，以套为基本单元进行登记；非成套住房，以房屋的幢、层、间等有固定界限的部分为基本单元进行登记。集体土地范围内村民住房，以宅基地上独立建筑为基本单元进行登记；在共有宅基地上建造的村民住房，以套、间等有固定界限的部分为基本单元进行登记。
所以你先到房管部门办理房屋分割登记，分成两本不同的人所有后（也就是把房屋分成间，而不是层或套），到土地部门办理分割登记，如果土地是划拨性质，不是分间，而是分成套房是要经规划和土地部门先批准的（因为国家对商品房或套房的容积率管理是有相关法律规定的，也就是说自建房改建成套房或商品房，是要经批准和缴纳相关规费的），先让规划批准为公寓式住宅（或联立式住宅，不过你的老自建房，一般原规划用途是落地房或通天房），收取相关出让金后，给予办理分割登记。
我建议你到当地国土部门咨询，就说你的自建房，在房管部门分成两本后，国土部门是否可以给予办理分本。有些相关费用要经土地评估机构、房地产评估机构评估后收取。
另外，你分成不同两个人时，肯定会牵涉转让登记或分家析产登记，这些费用跟平时的变更登记手续费用相同，也建议你在具体可以办理时，咨询当地职能部门。
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