黄宗羲没有受到什么迫害，他在明朝覆灭后，他变卖家业组织军队抵抗满人，后失败，被迫藏匿逃亡。
清政府赦免了他，条件是不准再惹事生非。
黄宗羲是明末人，生于万历三十八年(1610年)，卒于清康熙三十四年(1695年)。他在世时，伽利略造出了望远镜；
牛顿在树荫下喝茶时从掉落的苹果身上想到了万有引力；约翰•雷开始研究植物的果实、花和叶子；威廉•哈维通过计算血液从心脏里的流出量，得出了血液在血管里循环的道理。黄宗羲对此一无所知。
黄宗羲早年的经历带有传奇色彩。其父黄尊素曾当过
明熹宗皇帝的御史，因对太监
魏忠贤不满，与东林党人来往，被魏陷害，死于狱中。崇祯皇帝继位后，魏太监失去新皇帝的支持，被迫自杀。黄宗羲见有报仇的机会，身藏一支大铁锥进京，在法庭上亲手击杀了杀害他父亲的凶手。
明朝覆灭后，他变卖家业组织军队抵抗满人，后失败，被迫藏匿逃亡。清政府赦免了他，条件是不准再惹事生非。
黄宗羲写过一本叫
《明夷待访录》的书，书的名字出自
《易经》的一卦，寓意深晦，大意是：我的学说能将国家由黑暗引向光明，希望有朝一日得以实施。这并非是作者的狂妄之辞，梁启超将这本书与卢梭的
《社会契约论》相提并论，侯外庐先生则将之与法国的
《人权宣言》相类比。
黄宗羲是
孔子的忠实信徒，他谴责李贽叛经离道。他的理论围绕着孔子天下为公的理念展开，试图把法家为
秦始皇设计的政治体制淘汰出局，以儒家的民本主义政治体制取代之。他确实把传统的政治学说推到了一个更高的层面上，使儒家的面目革命性一新，致使后世的人几乎认不出来。
黄宗羲的政治哲学与晚他一百年的卢梭的政治哲学有某些相似之处，他们都先从臆测描摹人类历史的原始阶段开始。黄宗羲认为，在远古洪荒时代，人类一盘散沙，内部产生纠纷而没人调解，面对野兽与自然灾害的侵袭而无人领头对付，公利事业没有人带头干，这时候产生了一个英雄人物，人们拥戴他，选他为公共权力的代理人，于是君主产生了。君主的权力来源于人民，人民牺牲一部分自由服从他，交纳赋税养活他，是为了让他为大家服务，君主是人民共同雇用的仆人。但后来，君主把人民交给他代理使用的公共权力据为私有，宣称自己是人民的主人，广大人民是他的奴仆，整个给弄颠倒了。
他主张把颠倒了的主仆关系再颠倒回来，并设计出了一套主权在民的政治体制：
1.为了避免君主再把共公权力强行据为私有，君主不应有实权。君主只是国家的象征，权力在宰相手中，宰相可以就一些重大事务征求君主的意见，但不必由君主拍板，他可自行下达命令。
2.君主的龙椅宝座可以传给子孙，宰相的位子则只能传给贤能者。
3.国立最高学府的校长由德高望重的大学者担任，地位与宰相相同。学校不仅是读书的地方，也是培养政府官员，参政议政的场所。每月农历初一，皇帝、宰相、群臣都必须到学堂述职，以学生的身份听校长讲学。
各级地方政府的首长与地方最高学府的校长地位平等，地方官每月也要到学校述职，由校长以儒家的标准评判其施政的得失。
各高校校长由公众推举产生，任免不受皇帝、宰相的制约。
4.恢复古代的井田制，土地国有。政府可以根据实际情况分给每家农户五十亩口粮田，剩余的土地听任有能力者耕种。
黄宗羲这套代议制政治理论，尽管稍嫌粗陋，但极具价值。可以设想，如果不是西方文明的意外冲击，任凭清王朝在改朝换代的历史循环中自然衰亡，新兴的朝代完全有可能接受黄宗羲的政治方案，实行中国式的君主立宪。实际上，即便面临西方文明的威胁，这种政治体制在中国也很有可行性，可惜清朝的皇帝是满洲人，西方来的
民族主义思潮使以汉族为主体的中国很难接受一个少数民族皇帝存在。然而美国、法国式的民主政体与中国传统的社会有极大的隔阂，想把两者嫁接在一起，简直就像要把木头与铁焊接起来那样困难。即便在今天，变通地实施黄宗羲的方案，可能也比实行托马斯•
杰斐逊的方案更来得实际些、容易些。
黄宗羲也许不知道，在他精心设计他的政治理论体系的时候，西半球海岛上的英国人正为君主立宪而进行革命。1689年，英王威廉被迫接受国会的权力法案，具体内容为：国会拥有国家的最高权力，除非经国会同意，国王不能中止法律；不得提高税收和保持军队。除非有法律手续，国王无权逮捕和拘留臣民。这时，中国正雄心勃勃地开始它的第三个伟大繁荣期，
康熙皇帝英明、自信，他有理由更加集权。黄宗羲很明白他的学说在这种情形下是不合时宜的，他也不在意，只管埋头著述，直至八十六岁寿终正寝。
这里谈论黄宗羲，主要是想说明，当时的中国传统秩序还有很大的自我调整及完善余地，并非像某些评论者所说，像树上熟透的果子，失去了生命力，注定要自行腐败掉.顾炎武对此认识得很清楚，他在一封写给黄宗羲的信中说(大意)：“大作我拜读再三， 终于欣喜地发现世间还有能使中华统绪复兴的人，真若按您的意见实施，困忧历朝历代的一些问题可以迎刃而解，孔子所向往的上三代盛况必能慢慢得到实现。”
追问为什么没有被迫害? 这套说法并不讨统治阶级的欢心啊
追答写了一大段，发上来找不到了。
总之，虽然顾、黄起初反清，但清朝执政者仍极力笼络，因为他们有很大的影响力和号召力。而他们后来也有所收敛，他们本身和清朝不合作，但他们的门生和子弟却参与了新朝的文化建设，如修撰《明史》、参加科举考试等。实际上，他们的名声反而被清朝的执政者利用了。