惨遭诬陷，被发配新疆。
第一次“鸦片战争”时期,林则徐以虎门销烟、奋力抗英而闻名中外,成为一代名臣、民族英雄,为后人称颂。但也是因为禁烟和抗英,使林则徐成了朝廷的一名“罪臣”,遭受了5年悲壮的流放生活。
林则徐在广州的禁烟功绩,最初得到了道光皇帝的充分肯定。1839年7月28日,道光帝阅毕林则徐的虎门销烟报告,欣喜万分,誉为:“可称大快人心事!”不久,林则徐过55岁生日,道光帝又亲笔书写“福”、“寿”二字的大楷横匾,差人送往广州,以示嘉奖。
不久,林则徐先后被任命为两江总督、两广总督。但时隔不久,林则徐所面临的形势就迅速恶化起来。1840年6月,英军派舰队封锁珠江口,进攻广州。林则徐严密布防,使英军的进攻未能得逞。英军受阻后沿海岸北上,于7月5日攻占定海,8月9日抵达天津大沽口,威胁北京。这时,道光帝惊慌失措,急令直隶总督琦善前去“议和”;又命令两江总督伊里布查清英军攻占定海的原因,究竟是由于“绝其贸易”还是“烧其鸦片”,意欲将林则徐作为“替罪羊”。 从此,各种诬陷、打击和指责连续降临到林则徐的头上。琦善是妥协派的骨干,当然不会错过这一陷害和打击林则徐的机会。他声称英国所不满的只是林则徐一人,只要清廷惩治林则徐,所有问题都可解决。其间,林则徐两次上奏,大胆陈述禁烟抗英的合理性和正义性。道光帝翻脸,指责林则徐简直是一派胡言,实在可恶! 9月29日,道光帝下旨,革了林则徐的职,并命令“交部严加议处,来京听候部议”。这只是林则徐受到的初步惩罚,后面还有更严重的惩罚在等待着他。10月25日,林则徐又收到吏部文件,通知他暂留广州,等待新任钦差大臣博尔济吉特·琦善的审问和发落。1841年5月1日,林则徐又接到圣旨:降为四品卿衔,速赴浙江镇海听候谕旨。到镇海后,林则徐积极参与了当地的海防建设事宜,力图“戴罪立功”。不久,接替琦善的靖逆将军奕山在率军与英军作战中打了败仗。为了开脱罪责,他竟造谣说,英方是愿意议和的,他们恨之入骨的只有林则徐一人。言外之意,就是必须再次惩办林则徐,英方才能罢兵议和。道光帝求和心切,便把广州战败的责任再次归罪于林则徐,说他在广州任职时没有积极筹划防务,以致英军发起进攻后,奕山招架不住。6月28日,道光皇帝下旨,革去林则徐“四品卿衔”, “从重发往新疆伊犁,效力赎罪。”[3]
林则徐抗英有功，却遭投降派诬陷，被道光帝革职，他忍辱负重，道光二十一年（1841年7月14日）踏上戍途。在赴戍途中，仍忧国忧民，并不为个人的坎坷而唏嘘，当与妻子在古城西安告别时，在满腔愤怒下写了“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”的激励诗句。这是他爱国情感的抒发，也是他性情人格的写照。
道光二十一年十一月初九日到新疆。林则徐不顾年高体衰，从伊犁到新疆各地“西域遍行三万里”，实地勘察了南疆八个城，加深了对西北边防重要性的认识。林则徐所译资料中发现沙俄对中国的威胁，促成了他抗英防俄的国防思想，成为近代“防塞论”的先驱。于是他明确向伊犁将军布彦泰提出“屯田耕战”，有备无患。他还领导群众兴修水利，推广坎儿井和纺车，人们为纪念他的业绩，称为“林公井”“林公车”。林则徐根据自己多年在新疆的考察，结合当时沙俄胁迫清廷开放伊犁，指出沙俄威胁的严重性，临终时曾大声疾呼，告诫国人：“终为中国患者，其俄罗斯乎！吾老矣，君等当见之。” 果不其然，六十余年之后，数百万领土已被蚕食鲸吞，历史证明了林则徐是正确的！
在任滇都时，他提出整顿云南矿政，鼓励私人开采，提倡商办等主张。这反映出他的思想中包含着萌芽中的资本主义思想。于道光二十九年（1849年）因病辞归。结束了他的政治生涯。道光三十年（1850年）清廷为进剿太平军作乱，故再任命他为钦差大臣，督理广西军务。但不幸的是在赴任途中，林则徐于1850年11月22日暴卒于潮州普宁县行馆，终年66岁。死后清廷晋赠其太子太傅，照总督例赐恤，历任一切处分悉行开复，谥文忠。
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