吉林大学农学部植物科学学院由原中国人们解放军军需大学农副业生产系整合而来，成立于2004年，包含农学、理学、工学三大门类，涵盖了生物学、作物学、植物保护学、农业资源利用学、园艺学、机械工程等7个一级学科。学院设有作物学系、植物保护系、园艺系、农业资源与环境系、基础生物学系、机械工程及其自动化系，以及农业教学科研实习基地和机械工程教学实验实习基地。
作物学系成立于1988年，现有教职工10人，其中教授3人，讲师2人，具备博士学位的教师有4人，硕士及以下学位的教师也有数人。专业涵盖作物遗传育种、作物栽培和农业气象等，开设课程包括基础生物化学、植物生理学等，研究方向包括基因工程在育种中的应用和作物新品种的培育。
植物保护系由解放军军需大学植物保护教研室发展而来，拥有植物病理学、昆虫学等教研室，设有硕士点，致力于分子植物病理学和有害生物综合防治的研究。自95年以来，承担多项科研项目，发表论文60篇，与多所高校保持学术交流。
园艺系专注于蔬菜、果树栽培和绿色食品生产，设有园艺植物栽培教研室等，培养具有无土栽培和观赏园艺技术的复合型人才。毕业生就业领域广泛，包括科研机构、生产单位等。
农业资源与环境科学系成立于1988年，涵盖土壤学、植物营养学等学科，开展植物抗逆性研究和环境微生物技术等。与国内外多所高校和研究机构有合作关系，致力于可持续农业和环境保护。
吉林大学植物科学学院的前身是原中国人民解放军军需大学农副业生产系，2004年8月原军需大学移交教育部管理，与吉林大学合并后整合优势学科组建而成。