清末留日教育规模宏大，影响深远，但弊端也很多。1907年，杨枢的《游学计划书》曾总结归纳留日教育存在着五弊：其一，官费生初选不精，颖异可造者不过半数，能至大学或专科毕业者更少。据统计：历年留学日本在初级速成班学习的占60％，修业于普遍中学或中专者占30％，中途退学者占6%—7％，大专者占3%—4％，而入大学者不过1％而已。可见留日教育的水平很低，教育质量也不令人满意。其二，学成归国后，也多用非所学，如习师范者办陆军、学工艺者办警政，此为清朝政府官僚体制的弊政所致。其三，官费生中由各局所派遣的留学生只限于修业某一技术(如印刷学生、铁道学生之类)，心无远志，归尽义务，本无深造之意。其四，公费生由地方公款资助，只限于1～2年，期满归国，欲求深造也无经费支持，只能浅尝辄止，难成大器。其五，自费生(约占留学生总数的70％)贫寒出身居多，十之八九欲藉留学资格冀得一学堂教员或衙局幕友而已，胸无远志，归无大器，即使少数有志之士，欲求深造，也无足够财力维持学业。