在建工程抵押有几种方式，第一种是土地和在建工程同时抵押给同一权利人并在国土部门办理抵押登记，在这种情况下，抵押权人手上有他物权证， 土地使用权 人不能阻止抵押权人行使抵押权，但 土地使用权人 由于手中有 土地使用权证 当然可以行使土地使用权，包括再次抵押土地的权利。第二种是土地和在建工程分别在国土、建设部门办理抵押登记，在这种情况下，土地使用权证上不会记载抵押事项，对于抵押权人来说，不能被保障及时了解和把控被抵押土地的后续处置情况。
一、在建工程抵押的概念根据建设部于2001年8月15日修订的《城市房地产抵押管理办法》第三条的规定，所谓在建工程抵押是指抵押人为取得在建工程继续建造资金的贷款，以其合法方式取得的土地使用权连同在建工程的投入资产，以不转移占有的方式抵押给贷款银行作为偿还贷款履行担保的行为。根据“房地一体原则”，房地产转让、抵押时，房屋所有权与土地使用权必须同时转让、抵押，因此，如当事人以在建工程已完工部分设定抵押权的，其占用范围内的土地使用权随之抵押。二、在建工程抵押的特征根据上述在建工程抵押的定义，我们可以看出，在建工程抵押具有如下特点：1，抵押人为主债务人。由于在建工程抵押是贷款人取得金融机构继续建造资金的担保方式，因此抵押人为贷款合同的债务人，同时也是在建工程所占用土地的使用权人。2，抵押权人为具有贷款经营权的金融机构，一般是商业银行，也就是贷款合同的贷款人。3，担保的债务是在建工程继续建造所需要的贷款，因此，很显然，该贷款的通途是继续建造工程。4，抵押人必须已经取得在建工程占用土地的使用权。三、签订在建工程抵押合同应注意的问题(一)在签订合同之前注意审查抵押人以其在建工程进行抵押是否取得有关部门的批准，或是否具有有关机构同意的决议。根据《城市房地产抵押管理办法》的规定，抵押权人对在建工程设定抵押权时应根据抵押人的企业性质的不同，分别要求提交相应的文件：1，抵押人是国有企业、事业单位法人的，其以国家授予其经营管理的房地产抵押的，应取得国有资产管理部门的批准。2，抵押人是集体所有制企业的，必须经集体所有制企业职工(代表)大会的通过，并报其上级主管机关备案。3，抵押人为外商投资企业的，必须经过董事会通过，但企业章程领有规定的除外。4，抵押人是有限公司、股份有限公司的，必须经董事会或股东大会通过，但公司章程领有规定的除外。(二)双方当事人对在建工程的价值协商议定，或聘请房地产价格评估机构评估确定。(三)在建工程抵押合同除必需房地产抵押合同的具备的条款之外，还必须以下内容：1，《国有土地使用权》、《建设用地规划许可证》和《建设工程规划许可证》编号;2，已经缴纳的土地使用出让金或需要交纳的土地使用权出让金的数额;3，已投入在建工程的工程款;4，施工进度及工程竣工日期;5，已完成的工作量和工程量。(四)合同签订后，双方当事人应到房地产管理部门办理抵押登记手续，否则抵押合同不发生法律效力。四、在建工程字抵押期间竣工的，当事人应当在领取房地产权属证书后重新办理抵押登记。