相同点：两者都是普及性极强，深受广大群众喜爱的，集舞蹈、体操、健身、音乐、娱乐于一体的体育项目，能够锻炼练习者的心肺功能，达到强身健体的效果，还有减肥的功效，有利于改善动作的灵活性和协调性，减少臀部和腹部脂肪的堆积。
区别：
1、比赛的项目分类不同：健美操的比赛主要包括了竞技操比赛和健身操比赛（单人、混合双人操﹑三人、六人）。啦啦操的比赛分为了舞蹈啦啦操和技巧啦啦操，舞蹈啦啦操又分为街舞、花球、爵士等，舞蹈啦啦操又分为轻器械（采用花球等道具的舞蹈动作的表演形式）和徒手（以徒手舞蹈动作的表演形式）两项。
2、锻炼目的不同：健美操是以强身健体作为最终的目标，以有氧运动作为基础，以身体练习作为基本的手段，达到塑造形体、增进健康、娱乐休闲、改善气质的目的。啦啦操是以培养团队精神作为最终的目标，通过队员展示出的高超技能技巧和完成的舞蹈动作，集体体现出健康向上、青春活力的团队精神。
3、运动性质和特点不同：健美操注重运动员比赛时体现出的动作难度要素，需要展现出动作难度效果和现场的视觉效果，啦啦操注重视觉效果、表演效果以及团队的配合，通常只要具备了一定的健美操功底，就能够在很短的时间内掌握啦啦操。
健美操注意事项
运动一定要有计划，切勿盲目进行或坚持，因为每个人的体质和承受能力不同。跳健美操应该有合理的跳操计划，一般来说初次跳操者总练习时间不要超过1小时，以少量出汗、略有疲劳感为宜。随着之后锻炼水平的提高以及体质的增强，则可以慢慢增加运动强度和总量。
跳健美操时会放音乐结合动作一起，跳操时的动作要尽量与音乐的节奏相吻合，不宜过快。健美操的音乐一般是先弱，后逐渐加强，最后再变回弱的，根据这样的节奏来跳健美操最合适。跳健美操不宜一开始就太快，因为频繁快节奏的健美操不仅起不到锻炼作用，还容易使人超负荷运动，让人易感疲劳，降低人体免疫力。