为保护植物品种权人的利益，国家制订了《中华人民共和国植物新品种保护条例》等法律法规，对品种权进行保护。品种权人具有下列权利：
（1）生产权和销售权。生产权和销售权都是品种权人享有的一种排他的权力，根据这种权利，品种权人可以禁止任何单位或者个人未经品种权人许可，为商业目的生产或者销售该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料。但是，在下列情况下使用授权品种的，可以不经品种权人许可，不向其支付使用费，一是利用授权品种进行育种及其他科研活动；二是农民自繁自用授权品种的繁殖材料。另外，为了国家利益或者公共利益，审批机关可以作出实施植物新品种强制许可的决定。但取得实施强制许可的单位或者个人应当付给品种权人合理的使用费，其数额由双方商定；双方不能达成协议的，由审批机关裁决。
销售权也是排他的专有权利。但销售权同其他专利权一样，应当遵循“权力用尽原则”。即其权力效力以在商品流通中的第一次转手为边界线，品种权人将其生产或许可别人生产的产品（繁殖材料）投入市场，当其他人合法取得该产品（繁殖材料）后，品种权人的专有销售权即告用尽。其他人可以销售他合法得到的产品（繁殖材料）而不算侵权。
（2）使用权。使用权也是品种权人的一项专有权利，未经品种权人的许可，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料。但是，一个新品种的繁殖材料的用途可能是多样的，既可以作生产用种，也可以作为食物等，因此品种权上的专有使用权仅限于为商业目的将授权品种的繁殖材料重复繁殖并用于生产另一品种的繁殖材料。如果不是用于重复繁殖则不算侵权。
（3）标记权。品种权人有权在自己生产的授权品种种子包装上标明品种权标记的权利，如注明品种权申请号、品种权号、品种权人名称等。
（4）许可权。根据品种权人拥有的独占权，品种权人不仅可以自己实施，也可以许可其他单位和个人实施。许可他人实施，双方应当签订书面合同、明确双方的权利义务，比如许可的内容、期限、区域范围、利益分配等。许可可以是独占许可、排他许可或一般许可。
（5）转让权。植物新品种的申请权和品种权可以依法转让。转让权是品种权人对自己依法拥有的品种申请权和品种权的处分权。转让后，其权力归于被转让人。
（6）放弃权。品种权申请人或品种权人可以根据需要在申请品种权或被授予品种权后，以各种方式撤回品种权申请或放弃品种权。在授予品种权后，品种权人以书面声明放弃品种权的；品种权人未按照规定缴纳年费的；品种权人未按照审批机关的要求提供检测所需的该权品种的繁殖材料的；经检测该授权品种不再符合被授予品种权时的特征和特性的，品种权在保护期限届满前终止。品种权的终止，由审批机关登记和公告。品种权放弃后，任何人都可以自由使用。
（7）请求保护的权利。当品种权受到侵害时，品种权人有权请求有关管理机关进行处理，或直接向人民法院起诉。品种权管理机关有权责令侵权人停止侵权行为并赔偿损失。当事人任何一方对品种权机关的决定不服的，可以在规定期限内向人民法院起诉。如果当事人逾期未起诉，又不执行决定的，品种权管理机关可以请求人民法院强制执行。品种权人或其利害关系人也可以不通过品种权管理机关，直接向人民法院起诉，请求法院保护其品种权。